1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tggctaagattttgaataggtaaatgacactattataaaaactagtgcctaaacattgtagatttgtagataatatttgctgattatatccatggcatagGTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAGAAAGCCTCAAGAGCATCTCACCTCCGGAGATGAAGCTGCTGAAGTATTTGCTGAATATTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G136680_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAACAGAGCTTGGGCTGCTGCAAAAGAATCTACAACTATGAATGATAAG GTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAGEST: gi|89763714|gb|DY690797.1|DY690797
genomic: TTAACAGAGCTTGGGCTGCTGCAAAAGAATCTACAACTATGAATGATAAGgttagtctta ... catggcatagGTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAG
EST: TACAACTATGAATGATAAG GTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAGAAAGCCTCAAGEST: gi|60349243|gb|DN216216.1|DN216216
genomic: TACAACTATGAATGATAAGgttagtctta ... catggcatagGTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAGAAAGCCTCAAG
EST: TTAACAGAGCTTGGGCTGCTGCAAAAGAATCTACAACTATGAATGATAAG GTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAGAAAGCCTCAAG
genomic: TTAACAGAGCTTGGGCTGCTGCAAAAGAATCTACAACTATGAATGATAAGgttagtctta ... catggcatagGTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAGAAAGCCTCAAG
tgcctaaacattgtagatttgtagataatatttgctgattatatccatggcatagGTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAGAAAGCCTCAAGAGCATCTCACCTCCGGAGATGAAGCTGCTGAAGTATTTGCTGAATATTG
tgctgat putative branch site (score: 10)
atttgtagataatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggctaagattttgaataggtaaatgacactattataaaaactagtgcctaaacattgtagatttgtagataatatttgctgattatatccatggcatagGTCAAGGACATAATGTATCATATTTATACAACTACAAAAGAAAGCCTCAAGAGCATCTCACCTCCGGAGATGAAGCTGCTGAAGTATTTGCTGAATATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctagtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgat