Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtttagtcggtactctgtattaattctgatctgcatctggttttacatttcctaactgattctagatctaaactgccttctgtcatttgctttgctcgcgttgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G130889_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G130889_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g51690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtttgtttagtcggtactctgtattaattctgatctgcatctggttttacatttcctaactgattctagatctaaactgccttctgtcatttgctttgctcgcgttgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC
||||||||||||   | |||||  || ||||  |   | |||   ||        || | |||     | ||| || || |||||||  ||| ||||| ||   ||  || |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||
gtttgtttagtcaacattctgt--tatttctattgcccttctaactta------tctgagtga-----gctctgaagtgtcttctgtatttttctttgttcaaattattttccagCCACAATCAAAGAATGGTGTCAATAGCTTTGGTGGTCTCGGGGCAACTCTTGTGGACTCACTTGATACACTGTATATAATGGGCCTAAAGGATGAATTTC

upper sequence: GRMZM2G130889_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G23730.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtttgtttagtcggtactctgtattaattctgatctgcatctggttttacatttcctaactgat-tctagatctaaactgccttctg-tcatttgctttgctcgcgttgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC
              |  |    |||  || || | | | |     |    ||||  ||  || | | || || || | |   |     | | ||| | |  |   | ||  | |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||  |  | || || |||||||| ||||| || ||||| || || ||  | ||||
-------------atgataaaaattggtt-tgtttttcgtaaaaataattattt--tatttgttctttaaatttacattttttaaaaattaattgttatctttttggtg-ctaccagCCACAATCAAAGAATGGTGTCAATAGCTTTGGAGGTCTTGGAGCAACTTTAATAGATTCTCTTGATACACTATATATTATGGGTCTCAACGAACAGTTTC

upper sequence: GRMZM2G130889_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA07G02290.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtttgtttagtcggtactctgtattaattctgatctgcatc-tggttttacatttcctaactgattctagatctaaactgccttctgtcatttgctttgctcgcgttgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC
               |   ||  ||  ||||  |    ||  |  |||||  | | ||      ||  |  | | ||         || ||||  |||  | | | |     |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||  |  | || || |||||||| ||||| || ||||| || || ||  | ||||
-----------taaaatattggtttctttctcgtaaaaataattattttatttgttctttaaatttacattttttaaaaattaatcgttattt-tttttttggtgcta----ccagCCACAATCAAAGAATGGTGTCAATAGCTTTGGAGGTCTTGGAGCAACTTTAATAGATTCTCTTGATACGCTATATATTATGGGTCTCAATGAACAGTTTC

upper sequence: GRMZM2G130889_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv09s0054g00370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---gtttgtttagtcggtactctgtattaattctgatctgcatctggttttacatttcctaactgattctagatctaaactgccttctgtcatttgctttgctcgcgttgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC
     | | || || |    | | | |  ||  || |    || | |||| |  ||  | ||    ||||| | ||||  |||        | ||| |||       ||  ||  ||||||||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||  |  | || || ||||||||  |||| |||||||| ||  | ||  | || |
attcctagatttgtggcatttgtatttccatagtgtttatgatgttgtttcattttatccaa---gttctacaactaacatgc--------aattgtttt-------ttccttaacagCCACAATCCAAGAATGGTGTCAATAGTTTTGGAGGTCTTGGAGCAACATTAATAGATTCTCTTGATACATTATATATAATGGGACTAGATGAGCAGTTCC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148937008|gb|EC881178.2|EC881178
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|148934064|gb|EC878076.2|EC878076
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|149108157|gb|EE292504.2|EE292504
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|211506494|gb|FL158303.1|FL158303
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|32929134|gb|CF033946.1|CF033946
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|148930753|gb|EC873061.2|EC873061
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|19058210|gb|BM736877.1|BM736877
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|18964229|gb|BM660885.1|BM660885
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|20300875|gb|BQ163818.1|BQ163818
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|32929269|gb|CF034081.1|CF034081
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|20301029|gb|BQ163972.1|BQ163972
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|149073799|gb|EE162117.2|EE162117
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|87151942|gb|DY396731.1|DY396731
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|78112348|gb|DV530742.1|DV530742
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|61119084|gb|DN560045.1|DN560045
EST:     TGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: TGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|20300848|gb|BQ163791.1|BQ163791
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|32928842|gb|CF033654.1|CF033654
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|87153018|gb|DY397807.1|DY397807
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|19057740|gb|BM736407.1|BM736407
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|22490422|gb|BU050345.1|BU050345
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|32929345|gb|CF034157.1|CF034157
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
EST: gi|18964227|gb|BM660884.1|BM660884
EST:     ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAG                         CCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT
genomic: ATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 83

TGATCCTGTCAATAATGAAAGACGGGAAAAAGTTAAAGAGGCAATGCTCCATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 150

TGATCCTGTCAATAATGAAAGACGGGAAAAAGTTAAAGAGGCAATGCTCCATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 136

TGATCCTGTCAATAATGAAAGACGGGAAAAAGTTAAAGAGGCAATGCTCCATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 109

TGATCCTGTCAATAATGAAAGACGGGAAAAAGTTAAAGAGGCAATGCTCCATGCTTGGAATTCTTATGTTAAGTATGCCTGGGGAATGGACGAGCTTCAGgtttgtttag ... tgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattctagatctaaactgccttctgtcatttgctttgctcgcgttgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC
                                                ttccc  CT-rich tract
         atctaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtttagtcggtactctgtattaattctgatctgcatctggttttacatttcctaactgattctagatctaaactgccttctgtcatttgctttgctcgcgttgattcccagCCACAATCGAAGAATGGTATCAACAGCTTTGGTGGTCTTGGAGCAACCCTTGTTGACTCACTTGATACCCTATACATAATGGGCCTGAAAGATGAATTTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG