Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tattgatatttttgcatggtaatactcggaattatttcagtgctttattctgattttatgctgtacactgaatctgactaatgcctatgtcatataacagCTGGGTGGCAGAGTCATTAGACTTTGACAAGGATTATGATGCGAGTGTTTTTGAAACGACCATAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G128914_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G128914_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g51690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
--tattgatatttttgcatggtaatactcggaattatttcagtgctttattctgattttatgctgtacactgaatctgactaatgcctatgtcat-ataacagCTGGGTGGCAGAGTCATTAGACTTTGACAAGGATTATGATGCGAGTGTTTTTGAAACGACCATAAG
     | || |  |||  |  ||   |    |   | |  |||   || || |||||| |||   ||| || |||       ||| |||| |||| ||  |||||||||||| || ||| ||  ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||
ttctctaatctgcttgttta-tagctccattacagagtggagtatcttcttatgattt-atgtcatactct-aattcagtcgatgtctatttcatgatgccagCTGGGTGGCCGATTCACTAAGCTTTGACAAGGATTACGATGCAAGTGTCTTTGAAACGACCATAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattctgattttatgctgtacactgaatctgactaatgcctatgtcatataacagCTGGGTGGCAGAGTCATTAGACTTTGACAAGGATTATGATGCGAGTGTTTTTGAAACGACCATAAG
                              gactaat  putative branch site (score: 2)
     tgattttat  TA-rich tract