1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gtttcctccatatactgccttttagtcacgtgatgctgttatgaagttttattgtgaatataatattataatggcacgttctttttgtgctgtggaacagCCAAGGGTGGAAGCTGCTATGGTTAATGCCAGGATTCGGAAGACTGTTAAAGCAACACAAGCAAAGGTGGGCTACATTGGTCCTCCAGCTGACTTCAACT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G126038_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTGCTGGGCTTGAAAAGGCTGATGTGTTCCTTTTGGTTGGCACTCAG CCAAGGGTGGAAGCTGCTATGGTTAATGCCAGGATTCGGAAGACTGTTAAAEST: gi|71440864|gb|DR821914.1|DR821914
genomic: ATTGCTGGGCTTGAAAAGGCTGATGTGTTCCTTTTGGTTGGCACTCAGgtaaattact ... tgtggaacagCCAAGGGTGGAAGCTGCTATGGTTAATGCCAGGATTCGGAAGACTGTTAAA
EST: GCATTGCTGGGCTTGAAAAGGCTGATGTGTTCCTTTTGGTTGGCACTCAG CCAAGGGTGGAAGCTGCTATGGTTAATGCCAGGATTCGGAAGACTGTTAAA
genomic: GCATTGCTGGGCTTGAAAAGGCTGATGTGTTCCTTTTGGTTGGCACTCAGgtaaattact ... tgtggaacagCCAAGGGTGGAAGCTGCTATGGTTAATGCCAGGATTCGGAAGACTGTTAAA
gttttattgtgaatataatattataatggcacgttctttttgtgctgtggaacagCCAAGGGTGGAAGCTGCTATGGTTAATGCCAGGATTCGGAAGACTGTTAAAGCAACACAAGCAAAGGTGGGCTACATTGGTCCTCCAGCTGACTTCAACT
attgtgaatataatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttcctccatatactgccttttagtcacgtgatgctgttatgaagttttattgtgaatataatattataatggcacgttctttttgtgctgtggaacagCCAAGGGTGGAAGCTGCTATGGTTAATGCCAGGATTCGGAAGACTGTTAAAGCAACACAAGCAAAGGTGGGCTACATTGGTCCTCCAGCTGACTTCAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - cctccat
- - - - - - tactgcc
- - - - - - - - - - - - - - - -gatgctg