1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaccttcttgcctatgatatgttatgttgcttctgtgaagtgctgctttcgtagcttcttagcttgtgttgtgccttgtaatggaattacttgccttcactgatctgttttgtatttttatgtgtagGAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCTGGGTTCTTTGATGCTGACTGGGATTAATCGGTGGCTACTGCGCTCTATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G123732_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCGGACTTTTTCCAG GAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCTEST: gi|211324995|gb|FL127007.1|FL127007
genomic: CGCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCGGACTTTTTCCAGgtaccttctt ... ttatgtgtagGAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCT
EST: GACTTTTTCCAG GAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCTEST: gi|211474975|gb|FL438616.1|FL438616
genomic: GACTTTTTCCAGgtaccttctt ... ttatgtgtagGAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCT
EST: CGCTTTACCTTCCCCTCCCATATGTGACTTTCTTAGCGGACTTTTTCCAG GAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCTEST: gi|33092349|gb|CF052343.1|CF052343
genomic: CGCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCGGACTTTTTCCAGgtaccttctt ... ttatgtgtagGAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCT
EST: CGCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCGGACTTTTTCCAG GAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCTEST: gi|32934905|gb|CF039717.1|CF039717
genomic: CGCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCGGACTTTTTCCAGgtaccttctt ... ttatgtgtagGAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCT
EST: CGCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCGGACTTTTTCCAG GAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCT
genomic: CGCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCGGACTTTTTCCAGgtaccttctt ... ttatgtgtagGAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCT
gccttgtaatggaattacttgccttcactgatctgttttgtatttttatgtgtagGAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCTGGGTTCTTTGATGCTGACTGGGATTAATCGGTGGCTACTGCGCTCTATG
cactgat putative branch site (score: 3)
tattttt putative PPT
tgttttgtatttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaccttcttgcctatgatatgttatgttgcttctgtgaagtgctgctttcgtagcttcttagcttgtgttgtgccttgtaatggaattacttgccttcactgatctgttttgtatttttatgtgtagGAGGAAGACATGCTCCTAGAGAGCGTTTACTATTCTGAAATGAAGGATGCTGGGTTCTTTGATGCTGACTGGGATTAATCGGTGGCTACTGCGCTCTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG