Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tccacgattttgtctttccagttcagcatcatccgttttcgtttgatatttgaattttatacatttacaatttattaagtatctcttttggcagctccagTTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGACCTGTTGATCCAACAGATACTGGTATCGGAAAATAGGCAACAGTCAGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G123709_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89250501|gb|DY622287.1|DY622287
EST:     TTGGGCCTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|37399221|gb|CF636936.1|CF636936
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         TTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccagTTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
EST: gi|78111954|gb|DV530350.1|DV530350
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|148949178|gb|EC894615.2|EC894615
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|60400074|gb|DN232881.1|DN232881
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|211507760|gb|FL332863.1|FL332863
EST:     TTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATATCATGTTGATGAG                         TTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
genomic: TTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATA-CATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccagTTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
EST: gi|74236416|gb|DT644330.1|DT644330
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|148996164|gb|EE035434.2|EE035434
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|71533923|gb|DR784682.1|DR784682
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|76924929|gb|DV170200.1|DV170200
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|60354150|gb|DN221123.1|DN221123
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|32915762|gb|CF020574.1|CF020574
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|213179387|gb|FM183062.1|FM183062
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         C
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccag-
EST: gi|213179387|gb|FM183062.1|FM183062
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         C
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccag-
EST: gi|76017450|gb|DT944620.1|DT944620
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|211104219|gb|FL471983.1|FL471983
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         C
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccag-
EST: gi|211104219|gb|FL471983.1|FL471983
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         C
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccag-
EST: gi|6742558|gb|AW313373.1|AW313373
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         TTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccagTTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
EST: gi|71763783|gb|DR961720.1|DR961720
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|78026890|gb|DV495277.1|DV495277
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         TTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccagTTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
EST: gi|211121130|gb|FL435130.1|FL435130
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGCTCCAG                    
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGAT--G----AGgtaatatctt ... gcagc
EST: gi|211281689|gb|FL458599.1|FL458599
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         TTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccagTTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGAC
EST: gi|211257337|gb|FL311699.1|FL311699
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         C
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccag-
EST: gi|211257337|gb|FL311699.1|FL311699
EST:     TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAG                         C
genomic: TTTGGACTCCCTCTGCGATTGAGCGGGCACCTATGATACATGTTGATGAGgtaatatctt ... gcagctccag-


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatttgaattttatacatttacaatttattaagtatctcttttggcagctccagTTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGACCTGTTGATCCAACAGATACTGGTATCGGAAAATAGGCAACAGTCAGCTG
 gtttgat  putative branch site (score: 5)
       aattttatacatttac  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tccacgattttgtctttccagttcagcatcatccgttttcgtttgatatttgaattttatacatttacaatttattaagtatctcttttggcagctccagTTGAGACCTCGCAAGAGAAGAGCCAAGCTCTGGCGCTTTGGCATACGAGACCTGTTGATCCAACAGATACTGGTATCGGAAAATAGGCAACAGTCAGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - -cagcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tacattt