Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcagtgcatttccagccagagaacaatacacaaagctacctttcacaatgtccagatattatgttactctatctgaaccagtatttgtctgctccaccagATCCACAGCTCACAATGGACTATGCCCTTCTTCCCGATTATATGTTGCGGATTTTTCTTACAACTTTCTTGTCGGAAAAATTCCATCCTGCTTGAAATAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G119759_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G119759_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g58700.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
tcagtgcatttccagccagagaacaatacacaaagctacctttcacaatgtccagatattatgttact--ctatctgaaccagtatttgtctgctccaccagATCCACAGCTCACAATGGACTATGCCCTTCTTCCCGATTATATGTTGCGGATTTTTCTTACAACTTTCTTGTCGGAAAAATTCCATCCTGCTTGAAATAT
|   || |  ||  || || || |     | |||  ||  ||| || ||||     |||  | ||  |   |||||||| |  | ||  | | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||  ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| |||
ttgatg-acatctggc-agtgagcctgcaaaaaacttatatttgaccatgttttattatctttttgttaattatctgaatcgattttattttactccaccagATCCACGGCTCACAATGGGCTATGCCCTTCTCCTCGATTAAATGTTGGAGATTTCTCATACAACTTTCTTGTTGGAAAAATCCCACCGTGCTTGAAGTAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|91050219|gb|EB160637.1|EB160637
EST:     ACTGGACCGATCCCTTCCGAATTAGGTGGCTTGAGCAGTGTGAGCATAGT                         ATCCACAGCTCACAATGGACTATGCCCTTCTTCCCGATTATATGTTGCGGA
genomic: ACTGGACCGATCCCTTCCGAATTAGGTGGCTTGAGCAGTGTGAGCATAGTgtaagtccca ... gctccaccagATCCACAGCTCACAATGGACTATGCCCTTCTTCCCGATTATATGTTGCGGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatgtccagatattatgttactctatctgaaccagtatttgtctgctccaccagATCCACAGCTCACAATGGACTATGCCCTTCTTCCCGATTATATGTTGCGGATTTTTCTTACAACTTTCTTGTCGGAAAAATTCCATCCTGCTTGAAATAT
                                          tctgctcc  CT-rich tract
          atattatgtta  TA-rich tract