Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggcttaaatccttttcttcctagaccatgtaaactgtaaaatgtatgcttcccatatgtatgagggttaatatttgagtatcactgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117786_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117786_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g33440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgggcttaaatccttttcttcctagaccatgtaa-actgtaaaatg-tatgcttcccatat--gtatgagggttaa-tatttgagtatcactgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG
      | |  | || ||  |||||  |    | |  ||  | | || | || ||||  ||   ||||  ||  ||| ||||||||| |   ||| | |||||||  || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
-----gtgaggttctctttctcctaatctgcttgatgctaaatattgatgtggttcctttactggtatatggcctaagtatttgagtgtgtatgaatacagGGAGGCATAATGGCTGTCGGAGCCTCAAAACCTACAGTGGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGTGTCAAGAGCAAAATGCTG

upper sequence: GRMZM2G117786_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G24830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
----------------gtgggcttaaatccttttcttcctagaccatgtaaactgtaaaatgtatgcttc--ccatatgtatgagggttaatatttgagtatcactgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG
                | |   || ||  |||   ||   |||   |||      |    ||     ||   |  | | | || ||||| |  ||||    | | |   | ||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  |||||||||
gttagtgatgatttctgggactttgaagtcttgatttgagagatgttgtggctcattgtgtggcaatttgaacgttttatctgggggttcaactttgccctttatt---tccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAGATGGATTCTTCAGCGTGAAGAATAAAATGCTG

upper sequence: GRMZM2G117786_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0011g03380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtgggct-taaatccttttcttcctagaccatgtaaactgtaaaatgtatgcttcccatatgtatgagggttaatatttgagtatcact--gagtg----cagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG
||| | |  ||| ||    ||| |    | || ||     ||| || | | || ||| | ||     | || |   |||    |  | |  || ||    ||||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||  ||||||||||||| ||||| || || || || |||||||||
gtgagttgcaaagccaggactttcacctctat-tagttcataagat-tcttctgcccttttgggcatgtgtgagctttttctcaaaatttggaatgatgtcagGGGGCTATCATGGCCGTTGGAGCTTCAAAGCCTACTGTTGTCACTGATAAAGATGGATTCTTCAGTGTTAAAAGTAAAATGCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5895843|gb|AW037089.1|AW037089
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|91049207|gb|EB159625.1|EB159625
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCCCCTGCCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTCCAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|5936720|gb|AW059988.1|AW059988
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|5770188|gb|AI973362.1|AI973362
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|91869380|gb|EB400357.1|EB400357
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCCCCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|6526785|gb|AW216060.1|AW216060
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|32932202|gb|CF037014.1|CF037014
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|110529248|gb|EE033432.1|EE033432
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCCCCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|4885756|gb|AI676876.1|AI676876
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|149108974|gb|EE189934.2|EE189934
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|5108390|gb|AI740103.1|AI740103
EST:     GTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: GTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|32932221|gb|CF037033.1|CF037033
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|71767883|gb|DR965820.1|DR965820
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|38687553|gb|CK144584.1|CK144584
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|31354698|gb|CD439055.1|CD439055
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|6466738|gb|AW191398.1|AW191398
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|5325071|gb|AI783262.1|AI783262
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|91053207|gb|EB163625.1|EB163625
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|60396288|gb|DN229157.1|DN229157
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|76013819|gb|DT940989.1|DT940989
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|91056736|gb|EB167154.1|EB167154
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|71763414|gb|DR961351.1|DR961351
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|74236495|gb|DT644409.1|DT644409
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|88750427|gb|DY534568.1|DY534568
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCCCCCGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|30088033|gb|CB886238.1|CB886238
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|148960322|gb|EE153578.2|EE153578
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|24768545|gb|CA403674.1|CA403674
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|149085129|gb|EE174634.2|EE174634
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|78021875|gb|DV490262.1|DV490262
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|76016286|gb|DT943456.1|DT943456
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|5846883|gb|AI999966.1|AI999966
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|78083530|gb|DV511923.1|DV511923
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCCCCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 81

GGACTTTTACACTGTCCAACTTGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 110

GGACTTTTACACTGTCCAACTTGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 45

GGACTTTTACACTGTCCAACTTGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 201

GGACTTTTACACTGTCCAACTTGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttaa ... ctgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatgtatgcttcccatatgtatgagggttaatatttgagtatcactgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG
                          ggttaat  putative branch site (score: 201)
                            ttaatatttgagtat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgggcttaaatccttttcttcctagaccatgtaaactgtaaaatgtatgcttcccatatgtatgagggttaatatttgagtatcactgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG