Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtcatcagtccatgttctcgtcctatttttcatcaacattacatttcctaaattttcttagatctattagattacatatcttttctctgttattatgttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117507_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
---------------------------------------------gtagtcatcagtccatgttctcgtcctatttttcatcaacattacatttcctaaattttcttagatctattagattacatatcttttctctgttattatgttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG
                                                   |    |  ||  | |  ||  | |  |  |      || |||       | ||| ||           | ||||    ||| ||| || ||    |||| |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
gtaacatcttcagctcatttcctctgttttcattagcatcacatttcctctagtgttttatacttttatctaagtggttgttggatctatattctgatcttattcctatgctagcagtgtaacatgcacttt-tctatttttgctgtcaaccagATTCACAAGGTACCTGCTACTGACATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGTCTTTTTGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTACGTCCAAG

upper sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
------------------------------------gtagtcatcagtccatgttctcgtcctatttttcatcaacattacatttcctaaattt--tcttagatctattagattacatatcttttctctgttattatgttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG
                                      |    || |    |||| || ||  | |  |  | |    || |||      || |  |||||   ||||||    ||||| | ||| ||| || | ||  ||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||
gtaacatcttcagcttatgttagtcttttaatagcatcatatttccgatagtgttttc-tctaagtggttgttagatctatattctggtgatctgttcttattcctatta----acatacccttt-tctattttcattgtcaatcagATTCACAAGGTACCTGCTACCGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTTTTTGAGAAACGCAGAGCAAGAAACTTCTTCATTTACGTCCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211472425|gb|FL096495.1|FL096495
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211472428|gb|FL096498.1|FL096498
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|24773895|gb|CA409149.1|CA409149
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATG-TTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAA-GTCCCTGCCACTGA-NTGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|15590140|gb|BI674756.1|BI674756
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|33095042|gb|CF055036.1|CF055036
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGGGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211474937|gb|FL096500.1|FL096500
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCC-TTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211474947|gb|FL096510.1|FL096510
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|23357699|gb|BU645348.1|BU645348
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|33101772|gb|CF061732.1|CF061732
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCGCTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211474946|gb|FL096509.1|FL096509
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|60396978|gb|DN229797.1|DN229797
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|18661117|gb|BM501220.1|BM501220
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|29544525|gb|CB604905.1|CB604905
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211472424|gb|FL096494.1|FL096494
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGAT
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGA-GGCTCTGAAGTCCCCTTTGAT
EST: gi|211472420|gb|FL096490.1|FL096490
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|31351669|gb|CD436026.1|CD436026
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|32943016|gb|CF047835.1|CF047835
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGATTTTTCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211474939|gb|FL096502.1|FL096502
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATT-ACAAGGTCCCTGCCACTGAT
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGAT
EST: gi|211474948|gb|FL096511.1|FL096511
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|32933017|gb|CF037829.1|CF037829
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211474938|gb|FL096501.1|FL096501
EST:     TTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCWATAGGGAAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGT
genomic: TTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAA-AGGGAA-Ggtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGT
EST: gi|211474941|gb|FL096504.1|FL096504
EST:     ACTTGTCATTCACAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCTGCACACGGAAG                         ATTTACAACGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|31360108|gb|CD444465.1|CD444465
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211472423|gb|FL096493.1|FL096493
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211472426|gb|FL096496.1|FL096496
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211474943|gb|FL096506.1|FL096506
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211472429|gb|FL096499.1|FL096499
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|24773930|gb|CA409184.1|CA409184
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|29946002|gb|CB815929.1|CB815929
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|26557597|gb|CA829832.1|CA829832
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|211113229|gb|FL096514.1|FL096514
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGTAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
EST: gi|24773363|gb|CA408617.1|CA408617
EST:     ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAG                         ATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG
genomic: ACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 215

GGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 287

GGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 245

GGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 152

GGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCAAAGGGAAGgtagtcatca ... gttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttcttagatctattagattacatatcttttctctgttattatgttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG
             tattagattacatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtagtcatcagtccatgttctcgtcctatttttcatcaacattacatttcctaaattttcttagatctattagattacatatcttttctctgttattatgttcaatcagATTTACAAGGTCCCTGCCACTGATATGGAGGCTCTGAAGTCCCCTTTGATGGGCCTATTCGAGAAGCGCAGAGCAAGGAACTTCTTCATTTATGTCCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA