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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagttatttttactttttgcatttacaatttcaaatttgaccaaaccaagggacattctagaacttttactaaacttgtatacaactctgtattgcttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117388_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117388_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g09550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtcagttatttttactttttgcatttacaatttcaaatttgaccaaaccaagggacattctagaacttttactaaact--tgtatacaactctgtattgcttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGA
    || | |  ||  || | | | ||   ||   |  || | || |||     | |||| |    ||  ||| |  |  |  ||| || ||| | ||||||| ||||||  |||||   ||||||| |  |  ||  || |||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||
----gtcagtgctagcttgtac-tgtatttttagcagcttaatcagaccttaaaa-attcaattcattggactcacatactacatataaatctttcttgcttggatcagGCATTGTCAGCTATTCCCTTCCTGGATATTTATTTCTTGGGAGTACCCATGGTCAGCATGCTTCTTTATGTCTGGAGCAGAGAATATCCGAATTCTCAGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21389975|gb|BQ528024.1|BQ528024
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|40336279|gb|CK370349.1|CK370349
EST:     TATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: TATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211262952|gb|FL116383.1|FL116383
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTA
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTA
EST: gi|60672357|gb|DN475118.1|DN475118
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCCATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211262954|gb|FL116385.1|FL116385
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATCATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATT
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATT
EST: gi|33102075|gb|CF062035.1|CF062035
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211028976|gb|FL127255.1|FL127255
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|37392930|gb|CF633718.1|CF633718
EST:     GATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211028975|gb|FL127254.1|FL127254
EST:     ACTGCAGATTNCTTACNKGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATA
genomic: ACTGCAGATTTCTTAT--GGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATA
EST: gi|211028980|gb|FL127259.1|FL127259
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211267823|gb|FL116411.1|FL116411
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|24934294|gb|CA452512.1|CA452512
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCCTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211262955|gb|FL116386.1|FL116386
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTA
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTA
EST: gi|211211598|gb|FL477381.1|FL477381
EST:     TATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATCCCCCTATTCAA-TCTTTTTTCTTAGGAATACNTATG
genomic: TATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211267821|gb|FL116409.1|FL116409
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
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EST: gi|211265387|gb|FL116393.1|FL116393
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211267816|gb|FL116404.1|FL116404
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211267827|gb|FL116415.1|FL116415
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTT
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTT
EST: gi|16927150|gb|BM080219.1|BM080219
EST:     TGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: TGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211028978|gb|FL127257.1|FL127257
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211267822|gb|FL116410.1|FL116410
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATT
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATT
EST: gi|32945665|gb|CF050484.1|CF050484
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211265385|gb|FL116391.1|FL116391
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTC
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTC
EST: gi|67018558|gb|CO447307.1|CO447307
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211262956|gb|FL116387.1|FL116387
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTT
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTT
EST: gi|211267828|gb|FL116416.1|FL116416
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211028983|gb|FL127262.1|FL127262
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211028979|gb|FL127258.1|FL127258
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|93012514|gb|EB638034.1|EB638034
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211267824|gb|FL116412.1|FL116412
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTNTTCTTAGGAATACCTAT
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTT-TTCTTAGGAATACCTAT
EST: gi|211028981|gb|FL127260.1|FL127260
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|67029845|gb|CO458594.1|CO458594
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|71438420|gb|DR819470.1|DR819470
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211265388|gb|FL116394.1|FL116394
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GNGGNTGGCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCCTA
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGT-TGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACC-TA
EST: gi|211028977|gb|FL127256.1|FL127256
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATAC
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATAC
EST: gi|67040755|gb|CO467010.1|CO467010
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|93015533|gb|EB641053.1|EB641053
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211267819|gb|FL116407.1|FL116407
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGNTGGCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|71438460|gb|DR819510.1|DR819510
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|71767312|gb|DR965249.1|DR965249
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211265393|gb|FL116399.1|FL116399
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAAWTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211267825|gb|FL116413.1|FL116413
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|211265383|gb|FL116389.1|FL116389
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
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EST: gi|111145818|gb|EE257958.1|EE257958
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|60349033|gb|DN216006.1|DN216006
EST:     GGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|71767311|gb|DR965248.1|DR965248
EST:     AGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
EST: gi|32932771|gb|CF037583.1|CF037583
EST:     GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG                         GTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG
genomic: GGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 113

AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 209

AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 281

AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 322

AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTGgtcagttatt ... cttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggacattctagaacttttactaaacttgtatacaactctgtattgcttgaatcagGTGTTGTCTATTATTCCCCTATTCAATTCTTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGA
                 tactaaa  putative branch site (score: 322)
              ttttactaaa  TA-rich tract