Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgattaattggcatgtctactctttgtgttggttgtgttatgtttctctgtctgaattcctttatctactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGAAGATCCCATCAAAGCTTGGCTATGGGCCTCAAGGCTCGCCACCTACTAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G115757_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G115757_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g32526.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----------------------gtgattaattggcatgtctactctttgtgttggttgtgtt----atgtttctctgtctg------aattcctttatctactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGAAGATCCCATCAAAGCTTGGCTATGGGCCTCAAGGCTCGCCACCTACTAT
                       |   ||  |  |   | || | || || ||| ||    |    ||| | |  |||||       |||| |  ||     | | |||| |||||||||||  | ||||| ||||||||||| || ||| ||||| |||||||||| |||||||| || |||||  ||||||| || || || || ||
gtaatagtaatggtcccaatcaatagctagcta-ctcatttaattttagtattgtttaaaatttcaatgctccattgtctatctaaaaatttcaatactccatttgtagGGTGGGATCAGGGCATTCTGGGCATGTGCGTTGGCGAGAAGAGGAAGCTGAAGATCCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCAT

upper sequence: GRMZM2G115757_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G10750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
---------------gtgattaattggcatgtctactctttgtgttggttgtgttatgtttctctgtctga-attcctttatc-------tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGAAGATCCCATCAAAGCTTGGCTATGGGCCTCAAGGCTCGCCACCTACTAT
                |  ||   |  ||  |      ||| || | | || |  || ||||    |   | ||||| | |||         || |  ||| ||||| |||||  |  ||||||||||  ||||||| ||||| ||| |||| || |||||||| |||||||||||    || || || ||||| |||||
tgtgtattgtataatctagttttattacaaattactggtttatgattgatgggaaatctttcaagatagaatattccatgatcacttcctctctttgcagGTTGGGACCAGGGATTATTGGGAATGTGTCTTGGTGAGAAGCGTAAGCTGAAAATACCATCAAAACTTGGCTATGGAGAGCAGGGTTCCCCACCCACTAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32936362|gb|CF041181.1|CF041181
EST:     AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|211211874|gb|FL151949.1|FL151949
EST:     AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|213167545|gb|FM181750.1|FM181750
EST:     AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|211214433|gb|FL151952.1|FL151952
EST:     CGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: CGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|32932853|gb|CF037665.1|CF037665
EST:     AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|211214432|gb|FL151951.1|FL151951
EST:     CGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: CGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|32933739|gb|CF038551.1|CF038551
EST:     ACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: ACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|37388080|gb|CF631245.1|CF631245
EST:     GGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: GGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|12968665|gb|BG265611.1|BG265611
EST:     AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|211343044|gb|FL472494.1|FL472494
EST:     AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTTAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|211343045|gb|FL472495.1|FL472495
EST:     AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA
EST: gi|166664120|gb|EG160415.1|EG160415
EST:     AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTC
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTC
EST: gi|5762183|gb|AI967231.1|AI967231
EST:     AAGAGGTGNCCCGATTGAATTTGAATTGGGCNCTGGNCAAGTGATCAAAG                         GATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTAAAAAGCGGAAGTTAA
genomic: AAGAGGTGACCCGATTGAATTTGAATTGGGCACTGGACAAGTGATCAAAGgtgattaatt ... tactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttgtgttggttgtgttatgtttctctgtctgaattcctttatctactctatagGATGGGATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGAAGATCCCATCAAAGCTTGGCTATGGGCCTCAAGGCTCGCCACCTACTAT
                                   ttcctttatctactct  CT-rich tract
                ttatgttt  TA-rich tract