Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcagacaaaaatctgttaaaatagatgtaccatgattttttatgcgattacttttaagatttctatatcctccaactcagttttagttttttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113619_T04
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g24650.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----tcagacaaaaatctgttaaaatagatgtaccatgattttttatgcgattacttttaagatttctatatcctccaactcagttttagttttttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG
    ||         | | |  || || | ||  |   |||| | || |   ||  |     || |  ||||    ||   || |||||||||| |  || |||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
gcgctcctgattttttttatgtaactataagtttccgaatttatgatcc--ctagataccgcatgtggatattgctca-tacatttttagttttgtg-atacagTATGCTCATCGGGCTTGTGTGCAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACGTGTGAAATTTGTCATGAG

upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G04870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
tcagacaaaaatctgttaaaatagatgtaccatgattttttatgcgattacttttaagatttctatatcctccaactcagtttt---agttttttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG
   || | |  | ||||    |   | | || | | | |   |||    | || ||   | | |  ||  |        |||||       ||||   | |||||||||||||| |  || || || || ||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||  ||
---gagacatctttgttttttttttttttcctttaatatgcttgcttgcatttctattttgtgttaataatgatttgtggttttttggaaattttacgtacagTATGCTCATAGAAAGTGCGTTCAGCGTTGGTGCAATGAGAAAGGAGACATAACTTGTGAGATATGTCACAAG

upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv17s0000g06230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
tcagacaaaaatctgttaaaatagatgtaccatgattttttatgcgattacttttaaga----tttctatatcctccaactcagttttagttttttct-atgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG
    |||   | |   | | | | |||    |  || ||| ||| | |   | ||  ||    ||||     |    | |  | |   |  | | ||| || |||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||| ||
----acacccacccactcacagacatgggaaa-aatgtttaatgtgttggttctttggaattatttcctagactagtaccaaactgacacctctgtctcatccagTTTGCTCATAGGAAATGTGTTCAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACTTGCGAGATCTGTCATCAG

upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0026g02470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
--tcagacaaaaatctgttaaaataga-tgtaccatgattttttatgcgattacttttaagatttctatatcctccaactcagttttagttttttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG
  |      |  ||  | ||||||  | |   || |||| ||||   |  | |||     |      | ||     |  |    | || | |||| | | ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||| || || ||| ||
tgtattgtcattatgagataaaatttagtactccttgatatttttctctctaactccattgtcagtcaaatttgtta--ttgactgta-tattttttttccagTATGCTCATAGGAAGTGTGTTCAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGACATAATTTGTGAGATCTGCCATCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086642|gb|DV515035.1|DV515035
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|91877839|gb|EB407796.1|EB407796
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGA
EST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCCATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: -TAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|211143062|gb|FL281157.1|FL281157
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|8551597|gb|BE128942.1|BE128942
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|71311806|gb|DR792364.1|DR792364
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAAT
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAAT
EST: gi|440689|gb|T14710.1|T14710
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
EST: gi|91049342|gb|EB159760.1|EB159760
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTT
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTT
EST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
EST:     ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAG                         TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA
genomic: ATAGTATCAAAAATTTAGAGAGTCCATGTGCTTGCACTGGCAGTCTAAAGgttcgtgtta ... ttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gattacttttaagatttctatatcctccaactcagttttagttttttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG
                                   ttttagttttttct  CT-rich tract
      ttttaagatttctata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcagacaaaaatctgttaaaatagatgtaccatgattttttatgcgattacttttaagatttctatatcctccaactcagttttagttttttctatgcagTATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG