1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aaaataagcataatacatcaataataaacaatggaagttaaacataattgtttacatggtgtggctgatgtttccgcttttttattttctcaatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGAAGGATATGCCCTTCCCCATGCCATTCTTCGTCTGGATCTTGCTGGTCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G110378_T03 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|23357755|gb|BU645404.1|BU645404
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|67015167|gb|CO443916.1|CO443916
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|22520597|gb|BU079408.1|BU079408
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|50324857|gb|CO519983.1|CO519983
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|148958180|gb|EC904384.2|EC904384
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|20208181|gb|BQ134270.1|BQ134270
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|60352071|gb|DN219044.1|DN219044
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|19058330|gb|BM736997.1|BM736997
genomic: CAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAG-GCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|19058159|gb|BM736826.1|BM736826
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGGTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|18964276|gb|BM660913.1|BM660913
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAG-GCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|22473316|gb|BU037796.1|BU037796
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|148933752|gb|EC877683.2|EC877683
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|31353495|gb|CD437852.1|CD437852
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|31361791|gb|CD446148.1|CD446148
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCATTCCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|31664625|gb|CD573558.1|CD573558
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|22542092|gb|BU092530.1|BU092530
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|5566829|gb|AI881695.1|AI881695
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGGTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGT-ACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|108953059|gb|EC364564.1|EC364564
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|211156552|gb|FL393684.1|FL393684
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGC-AGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATEST: gi|211199201|gb|FL385611.1|FL385611
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGAT
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|211158138|gb|FL392766.1|FL392766
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|17921916|gb|BM259567.1|BM259567
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGGGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|31348896|gb|CD433253.1|CD433253
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|211471831|gb|FL184447.1|FL184447
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGEST: gi|148969649|gb|EE020509.2|EE020509
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|149030164|gb|EE286304.2|EE286304
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGEST: gi|20301358|gb|BQ164301.1|BQ164301
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
EST: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTG GTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
genomic: CGTTGCAATTCAAGCAGTGCTGTCACTCTATGCCAGTGGACGTACTACTGgtatgacctg ... caatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATG
aattgtttacatggtgtggctgatgtttccgcttttttattttctcaatctacagGTATTGTTCTCGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGTGCCCATTTATGAAGGATATGCCCTTCCCCATGCCATTCTTCGTCTGGATCTTGCTGGTCG
ggctgat putative branch site (score: 2)
tgtttccgctttttta CT-rich tract
ttttttattttctcaa TA-rich tract