Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aattcacttacaacgaaacaaacatggccttatttcatttttatcagaattcttctttacagcatctgatctaaatttcatttttttttttcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G104847_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os11g35400.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
aattcacttacaacgaaacaaacatggccttatttcatttttatcagaattcttctttacagc--atctgatctaaatttcattt---ttttttttcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
                   |  |||    || |||  | | | | |||||| || |  |      | ||||| |    || | ||   |||  ||  || ||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |
---------------gtgaattcatcattttttttggtgtgtgtaagaattgttttgaaagagtaacctgatgttgggtttactttaatttcattgtttgttcagGCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542184|gb|BU092622.1|BU092622
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|148958443|gb|EC904677.2|EC904677
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|148995832|gb|EE035067.2|EE035067
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211174084|gb|FL129199.1|FL129199
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211345429|gb|FL132812.1|FL132812
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|149076511|gb|EE165137.2|EE165137
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|87157287|gb|DY402076.1|DY402076
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211174085|gb|FL129200.1|FL129200
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|149086279|gb|EE175820.2|EE175820
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|149107582|gb|EE189463.2|EE189463
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|71430909|gb|DR811959.1|DR811959
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|149073920|gb|EE162247.2|EE162247
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211345427|gb|FL132810.1|FL132810
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGT
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGT
EST: gi|149098382|gb|EE184358.2|EE184358
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211174083|gb|FL129198.1|FL129198
EST:     ACTGNGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211345428|gb|FL132811.1|FL132811
EST:     TGTGGCATATATGGGATCCA-CTGCCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTG
genomic: TGTGGCATATATGG-ATCCAACTGCCC-GGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTG
EST: gi|148942583|gb|EC887602.2|EC887602
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|9254572|gb|BE345040.1|BE345040
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211175752|gb|FL129203.1|FL129203
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|26559314|gb|CA831549.1|CA831549
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211174080|gb|FL129195.1|FL129195
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|93282461|gb|EB674725.1|EB674725
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|149085816|gb|EE175338.2|EE175338
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|148970227|gb|EE021164.2|EE021164
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211174082|gb|FL129197.1|FL129197
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211174078|gb|FL129193.1|FL129193
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211175750|gb|FL129201.1|FL129201
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|148999540|gb|EE036511.2|EE036511
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211399266|gb|FL448654.1|FL448654
EST:     AATGGGTTATGCCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: AATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211347820|gb|FL132816.1|FL132816
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|76283292|gb|DV022860.1|DV022860
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
EST: gi|211174081|gb|FL129196.1|FL129196
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACA
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACA
EST: gi|211175754|gb|FL129205.1|FL129205
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG                         GCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 224

GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 154

GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG


Block sizes: 24 (upstream exon), 26 (downstream exon)
Score: 1

GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 462

GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttat ... tcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaattcttctttacagcatctgatctaaatttcatttttttttttcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG
                       atctaaa  putative branch site (score: 462)
                        tctaaatttcattttt  CT-rich tract
                       atctaaatttcatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aattcacttacaacgaaacaaacatggccttatttcatttttatcagaattcttctttacagcatctgatctaaatttcatttttttttttcttcttcagGCATGTAACAGTCAAGGGATATGTTATGTGCCACTGTATGACACCCTCG

- - - - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - catggcc
- - - - - - - - - - - - - - - - tttcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatctg