Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgactcgtttgttttggttattacaccttcatttttctctaagttgcatgatctatgcataatggctttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G102596_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G102596_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgactcgtttgttttggttattacaccttcatttttctctaagttgcatgatctatgcataatggctttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAACAG-----------------------------------------------
                 || | | || | | |  |  || | | ||  | |   || |  ||   ||| | |  |  | | |     ||||||  |  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||| | | |                                               
-----------------gtgaattcagcct-acatgcctttga-ttagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctata---cttaatgtgttctatctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCCGATTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542071|gb|BU092509.1|BU092509
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|22521291|gb|BU080102.1|BU080102
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|211480625|gb|FL107338.1|FL107338
EST:     GTGGGATGGGACTGTCSATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGTTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGG
EST: gi|50338044|gb|CO533170.1|CO533170
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGNGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|71434177|gb|DR815227.1|DR815227
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|211492156|gb|FL107392.1|FL107392
EST:     GTGGGATGGGACTGKCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTG
EST: gi|71435404|gb|DR816454.1|DR816454
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGG
EST: gi|211489283|gb|FL107389.1|FL107389
EST:     GGGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTNGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGT
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGT
EST: gi|211396655|gb|FL107314.1|FL107314
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGAGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|33103207|gb|CF063167.1|CF063167
EST:     GGTACAAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GGTAC-AATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|20803220|gb|BQ294270.1|BQ294270
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|5268934|gb|AI770898.1|AI770898
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|74239035|gb|DT646949.1|DT646949
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|94476027|gb|EB704985.1|EB704985
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|211486400|gb|FL107372.1|FL107372
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACCATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGGCT-GTACTATGTTGACAATGGAGG-TGCGCGGCTCGTGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGG-CTTGTACTATGTTGACAGTG-AGGGTGCGCGGCTCGTGG
EST: gi|22819801|gb|BU499891.1|BU499891
EST:     GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAAC
EST: gi|211489280|gb|FL107386.1|FL107386
EST:     GKGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGKACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtt ... cttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcataatggctttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAACAG
                                            tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                      ttgttctctt  CT-rich tract
               ttttcttttttgaact  TA-rich tract