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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaactgcttacataattttctaatctttggtatgagacttgtttagacaacaatattgtacttatgctagaagtataactcagacatttcagtcactcttatgcaatttcattgtggtaataacatgaggattctcattctatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTGTGGATGGCACTGTTCCTCCAGTGGTCGCTCCTACTGGTTGGGAATCAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099657_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19351060|gb|BM895592.1|BM895592
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTTCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTG
EST: gi|4885757|gb|AI676877.1|AI676877
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|71762516|gb|DR960453.1|DR960453
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTTCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|33100813|gb|CF060773.1|CF060773
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|26558618|gb|CA830853.1|CA830853
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|32906918|gb|CF011731.1|CF011731
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|28931124|gb|CB334485.1|CB334485
EST:     TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCCCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|32931142|gb|CF035954.1|CF035954
EST:     GGCTGCACCCCCTGTTGCTCCTCCTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACAGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|30306902|gb|CD001575.1|CD001575
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|29130197|gb|CB380901.1|CB380901
EST:     TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCCCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|18383551|gb|BM416751.1|BM416751
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|211518208|gb|FL037245.1|FL037245
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCAC-AG                         CTCCGGTTCCTA
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTA
EST: gi|4804453|gb|AI665253.2|AI665253
EST:     CCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTTCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: CCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|9732491|gb|BE511243.1|BE511243
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|78024862|gb|DV493249.1|DV493249
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
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EST: gi|22545832|gb|BU098206.1|BU098206
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|32932105|gb|CF036917.1|CF036917
EST:     TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|148946515|gb|EC891827.2|EC891827
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
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EST: gi|16927179|gb|BM080248.1|BM080248
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|8665287|gb|BE186103.1|BE186103
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
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EST: gi|67010589|gb|CO439338.1|CO439338
EST:     GCTGCACCACCTGGTGCTCCTACTGGTGCTGAATGGGGGTGCTGCACCAN                         CTNCGGNTCCTACNCG-TGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCC
genomic: GCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGG-TGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTAC-CGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCC
EST: gi|148943860|gb|EC888940.2|EC888940
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|9952291|gb|BE638874.1|BE638874
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|16927441|gb|BM080510.1|BM080510
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
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EST: gi|32942838|gb|CF047657.1|CF047657
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
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EST: gi|213182810|gb|FM187506.1|FM187506
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
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EST: gi|89106838|gb|DY577055.1|DY577055
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
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EST: gi|213172783|gb|FM182877.1|FM182877
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EST: gi|87157600|gb|DY402389.1|DY402389
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EST: gi|47962132|gb|CN844841.1|CN844841
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|78026199|gb|DV494586.1|DV494586
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTTCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|24766652|gb|CA401800.1|CA401800
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|213175254|gb|FM185954.1|FM185954
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|14717543|gb|BI245193.1|BI245193
EST:     GGCTGCACCCCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|60354763|gb|DN221736.1|DN221736
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|32863644|gb|CF003326.1|CF003326
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|71431962|gb|DR813012.1|DR813012
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|4624357|gb|AI615190.1|AI615190
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|149110236|gb|EE294039.2|EE294039
EST:     TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|45847137|gb|CN071080.1|CN071080
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|32866370|gb|CF006052.1|CF006052
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|7216471|gb|AW562593.1|AW562593
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTTCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|32913123|gb|CF017935.1|CF017935
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|33090902|gb|CF050896.1|CF050896
EST:     TACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: TACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|67026689|gb|CO455438.1|CO455438
EST:     GCTGCAC-ACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGGAT-GGG-TGCTGCACCA-                         CTTCCG-T-CCTACGGG-GATGGCTGG-ATCAA
genomic: GCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTG-ATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCT-CCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAA
EST: gi|18383455|gb|BM416655.1|BM416655
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|26558238|gb|CA830473.1|CA830473
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|22546321|gb|BU098632.1|BU098632
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|32919322|gb|CF024134.1|CF024134
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|27575998|gb|CA998692.1|CA998692
EST:     GGCTGCACCCCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|8930001|gb|BE224839.1|BE224839
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|8930000|gb|BE224838.1|BE224838
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|5018307|gb|AI714500.1|AI714500
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|32847363|gb|CD987044.1|CD987044
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|149060856|gb|EE157309.2|EE157309
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|45568000|gb|CK985851.1|CK985851
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|60399964|gb|DN232771.1|DN232771
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|37396261|gb|CF635418.1|CF635418
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|213167526|gb|FM195658.1|FM195658
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|29946290|gb|CB816075.1|CB816075
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|78082755|gb|DV511148.1|DV511148
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|76019319|gb|DT946489.1|DT946489
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|211518210|gb|FL037247.1|FL037247
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|31356818|gb|CD441175.1|CD441175
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|31350388|gb|CD434745.1|CD434745
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|19436149|gb|BM952559.1|BM952559
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTTCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|84351474|gb|DW245879.1|DW245879
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGACCAAACCGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|22472249|gb|BU036729.1|BU036729
EST:     TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCCCCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: TGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|5740306|gb|AI947996.1|AI947996
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|61119499|gb|DN560460.1|DN560460
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|27521905|gb|CA989011.1|CA989011
EST:     GGCTGCACCCCCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|31360418|gb|CD444775.1|CD444775
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|31354422|gb|CD438779.1|CD438779
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
EST: gi|18173651|gb|BM349039.1|BM349039
EST:     GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAG                         CTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG
genomic: GGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 985

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGCGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTGTGGATGGCACTGTTCCTCCAGTGGTCGCTCCTACTGGTTGGGAATCAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 734

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGCGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTGTGGATGGCACTGTTCCTCCAGTGGTCGCTCCTACTGGTTGGGAATCAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 501

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGCGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTGTGGATGGCACTGTTCCTCCAGTGGTCGCTCCTACTGGTTGGGAATCAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 432

GATTACCAAGGAGCTGATCAGTGGGGCGGTGACCAGTGGACCTCTGATGTGGCTGCACCACCTGTTGCTCCTACTGGTGCTGATTGGGGTGCTGCACCAGgtaaactgct ... tatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTGTGGATGGCACTGTTCCTCCAGTGGTCGCTCCTACTGGTTGGGAATCAGC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcttatgcaatttcattgtggtaataacatgaggattctcattctatgctgcagCTCCGGTTCCTACCGGTGATGGCTGGGATCAAACTGTGGCCCCTGTTCCTGTGGATGGCACTGTTCCTCCAGTGGTCGCTCCTACTGGTTGGGAATCAGC
                      taataac  putative branch site (score: 432)
                                    ttctcattct  putative PPT
         aatttcatt  TA-rich tract