Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgcctcttcaattacatgatttctgattgttattcttatcttattttttgttacttaaattatcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCACCAGGCACAGGTCGTTGTTTCAACTGTGGAATGGATGGTCACTGGGCAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099317_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099317_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g02880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtaagttgcctcttcaattacatgatt--tctgattgttattcttatcttattttttgttacttaaat--tatcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCACCAGGCACAGGTCGTTGTTTCAACTGTGGAATGGATGGTCACTGGGCAA
||| | ||  |||||  || | |   |   |  ||  | |||||  | || || |||  ||   |  |  |      |  || |  || ||   ||  || |   |||| |  | |||||| || ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||
gtatgctgt-tcttcggttgcttctctaagcacatcctgattctattttttttctttaatatgaagctgctgctgaattgatctgtattttttgttgactgatgctcttttcaacaaattgagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCTCCTGGAACAGGTCGGTGTTTTAACTGTGGGATTGATGGTCACTGGGCAA

upper sequence: GRMZM2G099317_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g17710.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-----------gtaagttgcctcttcaattacatgat--ttctgattgttattcttatcttattttttgttact--taaatt-atcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcagGTCCCACGTGGTCC---AGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCACCAGGCACAGGTCGTTGTTTCAACTGTGGAATGGATGGTCACTGGGCAA
            |  ||||| |    ||  ||||  |  | || |||  | |||||   | || |  || | ||  | |||| || || |||| |||  | |||| | || |  || |||| |  | ||||||||| ||||||| ||||||||| |    ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||   
gtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttt--tgttggctctgat--gt-tcttttcaaaaaattgtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCTCCAGGAACAGGTCGCTGTTTTAACTGTGGGATTGATGGTCACTGGG---

upper sequence: GRMZM2G099317_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g17710.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtaagttgcctcttcaattacatgat--ttctgattgttattcttatcttattttttgttact--taaatt-atcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAG---GTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCACCAGGCACAGGTCGTTGTTTCAACTGTGGAATGGATGGTCACTGGGCAA
    ||||| |    ||  ||||  |  | || |||  | |||||   | || |  || | ||  | |||| || || |||| |||  | |||| | || |  || |||| |  | ||||||||| ||||||| ||||||||| | |   |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||   
----gttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttt--tgttggctctgat--gt-tcttttcaaaaaattgtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCTCCAGGAACAGGTCGCTGTTTTAACTGTGGGATTGATGGTCACTGGG---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87155664|gb|DY400453.1|DY400453
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|86472004|gb|DY238374.1|DY238374
EST:     ATGGCGGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAGGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251028|gb|FL007477.1|FL007477
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71310802|gb|DR791706.1|DR791706
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|50336824|gb|CO531950.1|CO531950
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251036|gb|FL007485.1|FL007485
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251030|gb|FL007479.1|FL007479
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGG
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGG
EST: gi|76280523|gb|DV020091.1|DV020091
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|148941832|gb|EC886805.2|EC886805
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71438958|gb|DR820008.1|DR820008
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|22491590|gb|BU051513.1|BU051513
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71298912|gb|DR785451.1|DR785451
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251034|gb|FL007483.1|FL007483
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|148934490|gb|EC878531.2|EC878531
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71771421|gb|DR969358.1|DR969358
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|19436214|gb|BM952624.1|BM952624
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211248808|gb|FL007473.1|FL007473
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|31406034|gb|CD484766.1|CD484766
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251029|gb|FL007478.1|FL007478
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251027|gb|FL007476.1|FL007476
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCC-TCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|26558569|gb|CA830804.1|CA830804
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211248809|gb|FL007474.1|FL007474
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|71438768|gb|DR819818.1|DR819818
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|29945034|gb|CB815435.1|CB815435
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|76282712|gb|DV022280.1|DV022280
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|74232122|gb|DT640036.1|DT640036
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|37425051|gb|CF650261.1|CF650261
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211248807|gb|FL007472.1|FL007472
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|19351122|gb|BM895654.1|BM895654
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|87153453|gb|DY398242.1|DY398242
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|149070621|gb|EE159032.2|EE159032
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|89251320|gb|DY623106.1|DY623106
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|76014888|gb|DT942058.1|DT942058
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|50333687|gb|CO528813.1|CO528813
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|76289551|gb|DV029119.1|DV029119
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|149108516|gb|EE292817.2|EE292817
EST:     TGGCAGGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGA
genomic: TGGCAGGG-ATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGA
EST: gi|211251031|gb|FL007480.1|FL007480
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|23357517|gb|BU645166.1|BU645166
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|148934137|gb|EC878155.2|EC878155
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|211251037|gb|FL007486.1|FL007486
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
EST: gi|148959184|gb|EE010639.2|EE010639
EST:     ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA
genomic: ATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcc ... gtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcagGTCCCACGTGGTCCAGGTGGCTCACGTGAATATATGGGAAGAGGCCCTCCACCAGGCACAGGTCGTTGTTTCAACTGTGGAATGGATGGTCACTGGGCAA
      ttttgat  putative branch site (score: 4)
     attttgatatt  TA-rich tract