1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gcaccattgcaacatctatcctatttttctttctggactatttgagtgtgagcacctatagtactgttcacttacagttgagtatcaattcgattgccagAGACTCAGGCTTCCACACCAGCGTATGCACAATCCACATCCAGCTCCCTTGATCAAGCTGCACCAGCATCAGCAAGGTCTTCAGAAGATGGGTGGGGTGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G098042_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCAAATGCTAATAATTTTCAAGCATCAACAGCTTTGACTGCCGCTCCAG AGACTCAGGCTTCCACACTAGCGTATGCACAATCCACATCCAGCTCCCTTGEST: gi|22545700|gb|BU098059.1|BU098059
genomic: TGCAAATGCTAATAATTCTCAAGCATCAACAGCTTTGACTGCCGCTCCAGgtattggtat ... cgattgccagAGACTCAGGCTTCCACACCAGCGTATGCACAATCCACATCCAGCTCCCTTG
EST: ATGCTAATAATTCTCAAGCATCAACAGCTTTGACTGCCGCTCCAG AGACTCAGGCTTCCACACCAGCGTATGCACAATCCACATCCAGCTCCCTTG
genomic: ATGCTAATAATTCTCAAGCATCAACAGCTTTGACTGCCGCTCCAGgtattggtat ... cgattgccagAGACTCAGGCTTCCACACCAGCGTATGCACAATCCACATCCAGCTCCCTTG
gtgtgagcacctatagtactgttcacttacagttgagtatcaattcgattgccagAGACTCAGGCTTCCACACCAGCGTATGCACAATCCACATCCAGCTCCCTTGATCAAGCTGCACCAGCATCAGCAAGGTCTTCAGAAGATGGGTGGGGTGA
cacttac putative branch site (score: 82)
tatcaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcaccattgcaacatctatcctatttttctttctggactatttgagtgtgagcacctatagtactgttcacttacagttgagtatcaattcgattgccagAGACTCAGGCTTCCACACCAGCGTATGCACAATCCACATCCAGCTCCCTTGATCAAGCTGCACCAGCATCAGCAAGGTCTTCAGAAGATGGGTGGGGTGA
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- - cattgca
- - - - - - - - - - - - - - ctttctg
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