Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actttgctggtgtaggttctgttggaatgcatgatgtctcaaagataatttcttatgtcgcttcctggataccacatatatgtttcattcttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAAGAATGCAAATCCAAGGCACCCAAAAATCTTGGGCATCAGCTGTAGCCAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094444_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094444_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g11510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-actttgctggtgtaggtt--ctgttggaatgcatgatgtctcaaagataatttcttatgtcgcttcctggataccacatatat-gtttcattct--tgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAAGAATGCAAATCCAAGGCACCCAAAAATCTTGGGCATCAGCTGTAGCCAA
  | ||     || |  ||  ||| |||||    ||   ||| |  |  |       |||   || |  | | |   | |||   | |||||| |  | ||| |||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| | ||||||||||| | | |||   | ||
tgccttctcattggaatttcgctgctggaa-atttgccttctgattggaa----tgcatggaact-cgagaaaaattcttatgccgcttcattgtgctcattgcagGAGATACACTTGGGTCTTTTATCTATGTGCCATGTGAAGTCATGAAACAGCGAATGCAAGTCCAAGGCACCAAGAAATCTTGGGCCTTAACTGCCACAAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24961534|gb|CA483545.1|CA483545
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|5566944|gb|AI881855.1|AI881855
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|101396104|gb|EB819979.1|EB819979
EST:     AATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAA
genomic: AATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTT-ATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAA
EST: gi|24774091|gb|CA409345.1|CA409345
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATAGCACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATA-CACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAA
EST: gi|31355816|gb|CD440173.1|CD440173
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|93013218|gb|EB638738.1|EB638738
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|71328899|gb|DR801132.1|DR801132
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|91049487|gb|EB159905.1|EB159905
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|91055834|gb|EB166252.1|EB166252
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|74244669|gb|DT652583.1|DT652583
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|213191961|gb|FM189272.1|FM189272
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|93284067|gb|EB676331.1|EB676331
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTTGT-TATGTGCCTTGCGAAGTC
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTT-GTCTATGTGCCTTGCGAAGTC
EST: gi|211518406|gb|FL045672.1|FL045672
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|76288143|gb|DV027711.1|DV027711
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|149089237|gb|EE178440.2|EE178440
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|78117346|gb|DV535733.1|DV535733
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|24934873|gb|CA453091.1|CA453091
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|24774093|gb|CA409347.1|CA409347
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAA
EST: gi|211518403|gb|FL045669.1|FL045669
EST:     TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTG                         GTGATACACTTGGAT
genomic: TAATCCTAATCTAAGTGGACACTGGTCACATTTTATCGCTGGAGCGATTGgtaagcactc ... ttgattccagGTGATACACTTGGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatttcttatgtcgcttcctggataccacatatatgtttcattcttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAAGAATGCAAATCCAAGGCACCCAAAAATCTTGGGCATCAGCTGTAGCCAA
                                           tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                     tttcattctt  CT-rich tract
                              atatatgtttcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actttgctggtgtaggttctgttggaatgcatgatgtctcaaagataatttcttatgtcgcttcctggataccacatatatgtttcattcttgattccagGTGATACACTTGGATCCTTTGTCTATGTGCCTTGCGAAGTCATGAAACAAAGAATGCAAATCCAAGGCACCCAAAAATCTTGGGCATCAGCTGTAGCCAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG