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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatatttgtttgccatttttcggttcatgttagtttaatctattttattggacacatcacattggtcatattgtcaatgttttaacttccctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094255_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094255_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g52710.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
tatatttgtttgccatttttcggttcatgttagtttaatctattttattggacacatcacattggtcatattg-----tcaatgtttta--acttccctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG
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-aattttttttgttagt-----gcggatatccatgtctaccacttcatcagtcaggcta-attgataatgtgacttactctattatttactattcccccatatctagGATCTATCTGGTCGTCCTCATTTGAGTTGCGGCTTAAGTATTCCGACTGAGAGAGTTGGCACATACGATACTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76010862|gb|DT938032.1|DT938032
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|31355338|gb|CD439695.1|CD439695
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|88757021|gb|DY541162.1|DY541162
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|50323498|gb|CO518624.1|CO518624
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|94478728|gb|EB707686.1|EB707686
EST:     GATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: GATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|76293135|gb|DV032703.1|DV032703
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|50325237|gb|CO520363.1|CO520363
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|71327961|gb|DR800622.1|DR800622
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|60349510|gb|DN216483.1|DN216483
EST:     AGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: AGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|78107718|gb|DV526136.1|DV526136
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|149110134|gb|EE293952.2|EE293952
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|78112492|gb|DV530886.1|DV530886
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|76289085|gb|DV028653.1|DV028653
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|76010863|gb|DT938033.1|DT938033
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|76284484|gb|DV024052.1|DV024052
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|78086465|gb|DV514858.1|DV514858
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|74232836|gb|DT640750.1|DT640750
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|211006666|gb|FL081503.1|FL081503
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         AATCTGTCTGGTCGCCCTC
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTC
EST: gi|31664107|gb|CD573287.1|CD573287
EST:     CGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: CGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|211003886|gb|FL081493.1|FL081493
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAAGCAGCGGGTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGGTCGCC-TCATTTAAGCTGTGGCTT
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGG-TCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTT
EST: gi|101397352|gb|EB820599.1|EB820599
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTT
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTT
EST: gi|78107717|gb|DV526135.1|DV526135
EST:     TTGGTCATTTTTCAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATCTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattggacacatcacattggtcatattgtcaatgttttaacttccctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG
                                  ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                        cttccctgt  CT-rich tract
                              aatgttttaa  TA-rich tract