Skip to another splice site:
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 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatatttgtttgccatttttcggttcatgttagtttaatctattttattggacacatcacattggtcatattgtcaatgttttaacttccctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094255_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094255_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g52710.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
tatatttgtttgccatttttcggttcatgttagtttaatctattttattggacacatcacattggtcatattg-----tcaatgtttta--acttccctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG
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-aattttttttgttagt-----gcggatatccatgtctaccacttcatcagtcaggcta-attgataatgtgacttactctattatttactattcccccatatctagGATCTATCTGGTCGTCCTCATTTGAGTTGCGGCTTAAGTATTCCGACTGAGAGAGTTGGCACATACGATACTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76010862|gb|DT938032.1|DT938032
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|31355338|gb|CD439695.1|CD439695
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|50323498|gb|CO518624.1|CO518624
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|211006666|gb|FL081503.1|FL081503
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         AATCTGTCTGGTCGCCCTC
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTC
EST: gi|94478728|gb|EB707686.1|EB707686
EST:     GATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: GATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|78107718|gb|DV526136.1|DV526136
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|71327961|gb|DR800622.1|DR800622
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|60349510|gb|DN216483.1|DN216483
EST:     AGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: AGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|76289085|gb|DV028653.1|DV028653
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|76010863|gb|DT938033.1|DT938033
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|50325237|gb|CO520363.1|CO520363
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|76293135|gb|DV032703.1|DV032703
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|74232836|gb|DT640750.1|DT640750
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|76284484|gb|DV024052.1|DV024052
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|88757021|gb|DY541162.1|DY541162
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|31664107|gb|CD573287.1|CD573287
EST:     CGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: CGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|211003886|gb|FL081493.1|FL081493
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAAGCAGCGGGTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGGTCGCC-TCATTTAAGCTGTGGCTT
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGG-TCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTT
EST: gi|149110134|gb|EE293952.2|EE293952
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|101397352|gb|EB820599.1|EB820599
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTT
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTT
EST: gi|78107717|gb|DV526135.1|DV526135
EST:     TTGGTCATTTTTCAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATCTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|78112492|gb|DV530886.1|DV530886
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
EST: gi|78086465|gb|DV514858.1|DV514858
EST:     TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTG                         GATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA
genomic: TTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 36

GCACTACTTGAAGCACTTGGTGATCGAAAGGGAATTAACCGATTTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 51

GCACTACTTGAAGCACTTGGTGATCGAAAGGGAATTAACCGATTTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 30

GCACTACTTGAAGCACTTGGTGATCGAAAGGGAATTAACCGATTTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 46

GCACTACTTGAAGCACTTGGTGATCGAAAGGGAATTAACCGATTTGGTCATTTTACAGCACCGCTTGATGAGGCAGCGGTTGAGGTTATACTGgtaagtcaca ... ctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattggacacatcacattggtcatattgtcaatgttttaacttccctgtatccagGATCTGTCTGGTCGCCCTCATTTAAGCTGTGGCTTAGATATTCCTACTCAAAGAGTTGGCACATATGATACACAG
                                  ttttaac  putative branch site (score: 46)
                                        cttccctgt  CT-rich tract
                              aatgttttaa  TA-rich tract