Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgcatttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G092468_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g01250.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattga-tgccttaca-tgcatttaca---ctttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
            | |  |  | ||||||      | || |||| ||  | |||||  |||   || ||| || || |||| |     ||   || ||  ||   |||   ||||    || ||||  ||  || | |    | |||   ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||
------------gtacgcagc-atctttttgtgtaacatattcgtcatgttttcaagattttctggcttgcaatggattttcgttgtttccctgttttcttctgtttccaattgcatctgaatctagacccatgcttttctt-atctgcagAGCTTGCAAGACGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCAATGAAATACAGGAAACTCTCGGAAGAAGCTACAATGTCCCTGATGACATTGACGAGGAAG

upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G33630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgcatttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
                                                       | ||  || || |       | |    |   ||   | |  ||   | | |    | || | ||| |||   |    | |   || | ||||   ||||||||||||||||||| || |||||||| || | |||||| ||||| ||| | || |||||||| || || || |||||||| |||||||| |
-------------------------------------------------------gtatgtattccctttccttttctcttatagcttctatctaatctaatatcaaaatttttacgtcttaactgttgatccatgctatgcgtagAACTTGCAAGATGAGATGATGGACCTCATGGATGTAAGTAATGAAATCCAAGAGACTTTGGGTAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATG

upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G33960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatg--catttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
                                                       | ||  ||  ||| | |   |  ||| |  ||  |   ||   |     ||  |  |  ||   ||| |||   |    | |   ||   ||||   ||||||||||||||||||| || |||||||| || | |||||| ||||| ||| | || |||||||| || || || |||||||| || ||||| |
-------------------------------------------------------gtatgtatctctttccttttctcttatagctt-ctatctaaagtgaaaatttttaaaaattttgtcttaactgttgatccatgctatgtgtagAACTTGCAAGATGAGATGATGGACCTCATGGATGTAAGTAATGAAATTCAAGAGACTTTGGGTAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATG

upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G10640.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgc-atttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
                                               || | | |   ||  |     ||||     ||  |  ||||| |    ||| || |   |||    |||| |   |  |    |     ||| |  | ||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||| | ||||| || ||||||||  | || |||| | | || ||||| |
--------------------------------------------gtacgttgttaa-gttacttaacaacatcttggttttatcttgtttcaagcttttctctggtatttgatttgcctgatactacgatctattgatggt--acagAATTTACAAGACGAGATGATGGATCTGATGGATGTTAGTTCTGAAATTCAAGAATCACTTGGTAGGAGCTACAATATTCCTGATGGCCTTGACGAGGATG

upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0007g02300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgcatttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
                                                    || | |||| |            | | ||   || |   ||| || | | | ||  |       | |||||||  |   |  | |  |    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||| |||||| | ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |
---------------------------------------------------gtctgtattgctttaccgaggttctatgcatcatgctagctatatttcatctggaccgcca----aactgaacaactgattgtttttgttttcagAGCATGCAAGATGAGATGATGGACCTGATGGATGTAAGCTCAGAAATTCAAGAATCCCTTGGCAGAAGTTACAATGTGCCAGATGACATTGATGAGGATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37622046|gb|CF675099.1|CF675099
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211387542|gb|FL169282.1|FL169282
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGACTCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGA-TCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACA
EST: gi|211087643|gb|FL395856.1|FL395856
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32788605|gb|CD940841.1|CD940841
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATC
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATC
EST: gi|211394823|gb|FL369347.1|FL369347
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|24934372|gb|CA452590.1|CA452590
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211439056|gb|FL385005.1|FL385005
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCMAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGC
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGC
EST: gi|13562177|gb|BG550397.1|BG550397
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|5928953|gb|AW056245.1|AW056245
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AG-ATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATG-GAGCAC
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCAC
EST: gi|17932462|gb|BM269422.1|BM269422
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32908604|gb|CF013417.1|CF013417
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGGATGGATCTTATTGGATGTGAGCACTGAAATAC
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATG-ATGGATCTTAT-GGATGTGAGCACTGAAATAC
EST: gi|32844108|gb|CD983789.1|CD983789
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTATCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|18170299|gb|BM340139.1|BM340139
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|22489538|gb|BU049461.1|BU049461
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211387544|gb|FL169284.1|FL169284
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGA
EST: gi|32844472|gb|CD984153.1|CD984153
EST:     TAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACA
genomic: TAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATA-TTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACA
EST: gi|32916309|gb|CF021121.1|CF021121
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGACGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32850682|gb|CD990363.1|CD990363
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32863022|gb|CF002704.1|CF002704
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGAT
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGAT
EST: gi|4609483|gb|AI600322.1|AI600322
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211408542|gb|FL414508.1|FL414508
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGGAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGNAGATGATGGATCCTTTATGGGATGTGGAGCACTGAAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATG-AGATGATGGATC-TT-ATGG-ATGTG-AGCACTGAAA
EST: gi|76286967|gb|DV026535.1|DV026535
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|17929488|gb|BM266448.1|BM266448
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|87151661|gb|DY396450.1|DY396450
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211387541|gb|FL169281.1|FL169281
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
             gattgat  putative branch site (score: 4)
                                      cctcctat  putative PPT
        tttttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgcatttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG