Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgcatttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G092468_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g01250.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattga-tgccttaca-tgcatttaca---ctttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
            | |  |  | ||||||      | || |||| ||  | |||||  |||   || ||| || || |||| |     ||   || ||  ||   |||   ||||    || ||||  ||  || | |    | |||   ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||
------------gtacgcagc-atctttttgtgtaacatattcgtcatgttttcaagattttctggcttgcaatggattttcgttgtttccctgttttcttctgtttccaattgcatctgaatctagacccatgcttttctt-atctgcagAGCTTGCAAGACGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCAATGAAATACAGGAAACTCTCGGAAGAAGCTACAATGTCCCTGATGACATTGACGAGGAAG

upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G33630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgcatttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
                                                       | ||  || || |       | |    |   ||   | |  ||   | | |    | || | ||| |||   |    | |   || | ||||   ||||||||||||||||||| || |||||||| || | |||||| ||||| ||| | || |||||||| || || || |||||||| |||||||| |
-------------------------------------------------------gtatgtattccctttccttttctcttatagcttctatctaatctaatatcaaaatttttacgtcttaactgttgatccatgctatgcgtagAACTTGCAAGATGAGATGATGGACCTCATGGATGTAAGTAATGAAATCCAAGAGACTTTGGGTAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGATGAGGATG

upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G33960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatg--catttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
                                                       | ||  ||  ||| | |   |  ||| |  ||  |   ||   |     ||  |  |  ||   ||| |||   |    | |   ||   ||||   ||||||||||||||||||| || |||||||| || | |||||| ||||| ||| | || |||||||| || || || |||||||| || ||||| |
-------------------------------------------------------gtatgtatctctttccttttctcttatagctt-ctatctaaagtgaaaatttttaaaaattttgtcttaactgttgatccatgctatgtgtagAACTTGCAAGATGAGATGATGGACCTCATGGATGTAAGTAATGAAATTCAAGAGACTTTGGGTAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATG

upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G10640.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgc-atttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
                                               || | | |   ||  |     ||||     ||  |  ||||| |    ||| || |   |||    |||| |   |  |    |     ||| |  | ||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||| | ||||| || ||||||||  | || |||| | | || ||||| |
--------------------------------------------gtacgttgttaa-gttacttaacaacatcttggttttatcttgtttcaagcttttctctggtatttgatttgcctgatactacgatctattgatggt--acagAATTTACAAGACGAGATGATGGATCTGATGGATGTTAGTTCTGAAATTCAAGAATCACTTGGTAGGAGCTACAATATTCCTGATGGCCTTGACGAGGATG

upper sequence: GRMZM2G092468_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0007g02300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgcatttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
                                                    || | |||| |            | | ||   || |   ||| || | | | ||  |       | |||||||  |   |  | |  |    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||| |||||| | ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |
---------------------------------------------------gtctgtattgctttaccgaggttctatgcatcatgctagctatatttcatctggaccgcca----aactgaacaactgattgtttttgttttcagAGCATGCAAGATGAGATGATGGACCTGATGGATGTAAGCTCAGAAATTCAAGAATCCCTTGGCAGAAGTTACAATGTGCCAGATGACATTGATGAGGATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37622046|gb|CF675099.1|CF675099
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211056131|gb|FL465294.1|FL465294
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|18165330|gb|BM335169.1|BM335169
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211387542|gb|FL169282.1|FL169282
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGACTCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGA-TCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACA
EST: gi|211087643|gb|FL395856.1|FL395856
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32788605|gb|CD940841.1|CD940841
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATC
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATC
EST: gi|32843415|gb|CD983096.1|CD983096
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACCA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATA-CA
EST: gi|211439056|gb|FL385005.1|FL385005
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCMAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGC
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGC
EST: gi|211056133|gb|FL465296.1|FL465296
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32850682|gb|CD990363.1|CD990363
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|13557942|gb|BG549298.1|BG549298
EST:     AAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: AAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32844108|gb|CD983789.1|CD983789
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTATCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32843203|gb|CD982884.1|CD982884
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACCA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATA-CA
EST: gi|13562177|gb|BG550397.1|BG550397
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|5928953|gb|AW056245.1|AW056245
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AG-ATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATG-GAGCAC
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCAC
EST: gi|87151661|gb|DY396450.1|DY396450
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32908604|gb|CF013417.1|CF013417
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGGATGGATCTTATTGGATGTGAGCACTGAAATAC
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATG-ATGGATCTTAT-GGATGTGAGCACTGAAATAC
EST: gi|116828810|gb|EC861202.1|EC861202
EST:     AAACTGTC-AGC-CGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: AAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32844472|gb|CD984153.1|CD984153
EST:     TAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACA
genomic: TAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATA-TTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACA
EST: gi|24934372|gb|CA452590.1|CA452590
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|22489538|gb|BU049461.1|BU049461
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32830794|gb|CD970472.1|CD970472
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211387544|gb|FL169284.1|FL169284
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGA
EST: gi|211406647|gb|FL439010.1|FL439010
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211406648|gb|FL439011.1|FL439011
EST:     TAAAGAGCTCAAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: TAAAGAGCTC-AAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32843530|gb|CD983211.1|CD983211
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|71437048|gb|DR818098.1|DR818098
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|18168644|gb|BM338484.1|BM338484
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211019544|gb|FL384186.1|FL384186
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32916309|gb|CF021121.1|CF021121
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGACGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211394823|gb|FL369347.1|FL369347
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32863022|gb|CF002704.1|CF002704
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGAT
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGAT
EST: gi|4609483|gb|AI600322.1|AI600322
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211408542|gb|FL414508.1|FL414508
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGGAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGNAGATGATGGATCCTTTATGGGATGTGGAGCACTGAAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATG-AGATGATGGATC-TT-ATGG-ATGTG-AGCACTGAAA
EST: gi|32831503|gb|CD971181.1|CD971181
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|76286967|gb|DV026535.1|DV026535
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|32843474|gb|CD983155.1|CD983155
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
EST: gi|211387541|gb|FL169281.1|FL169281
EST:     ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGAT                         AGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA
genomic: ATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 96

ATGACTGCGATGAAGGCTGCCAATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 355

ATGACTGCGATGAAGGCTGCCAATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 411

ATGACTGCGATGAAGGCTGCCAATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 306

ATGACTGCGATGAAGGCTGCCAATAAAGAGCTCAAAGGGATGATGAAAACTGTCAAGCTCGAAGATATTGATgtatgttatt ... tgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG
             gattgat  putative branch site (score: 306)
                                      cctcctat  putative PPT
        tttttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttattaagcattctcccatctttactctcaccagattcctcgcgctttcagcattgatgccttacatgcatttacactttgttgcttattttcctttttgattgatgttgcatctgaacatatacctcctatgatccatagAGTATGCAAGATGAGATGATGGATCTTATGGATGTGAGCACTGAAATACAAGAAACTCTTGGCAGAAGCTACAACGTCCCAGATGACATCGATGAGGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG