1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tttcttggtacattagaatgcaatgcttcaacggtttctttatatatgtttttaaagagattaagatatgctttctgttctgtgtcttcatcatctgtagATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCTGGCAAAGGAGATGCGGTATTTATGGTGTCAGCTCCTCATTACTGGTGCATA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G091265_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAAGAGACCCTCAAATTCATACTCAGTTTCACCAAACTCAGATTCTAAG ATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCTGGEST: gi|148933222|gb|EC876874.2|EC876874
genomic: CAAAGAGACCCTCAAATTCATACTCAGTTTCACCAAACTCAGATTCTAAGgtgtgtgctt ... tcatctgtagATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCTGG
EST: CAAAGAGACCCTCAAATTCATACTCAGTTTCACCAAACTCAGATTCTAAG ATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAAAAGCACCCCTGGEST: gi|94476085|gb|EB705043.1|EB705043
genomic: CAAAGAGACCCTCAAATTCATACTCAGTTTCACCAAACTCAGATTCTAAGgtgtgtgctt ... tcatctgtagATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCTGG
EST: CAAAGAGACCCTCAAATTCATACTCAGTTTCACCAAACTCAGATTCTAAG ATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCEST: gi|78091413|gb|DV519787.1|DV519787
genomic: CAAAGAGACCCTCAAATTCATACTCAGTTTCACCAAACTCAGATTCTAAGgtgtgtgctt ... tcatctgtagATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCC
EST: CAAAGAGACCCTCAAATTCATACTCAGTTTCACCAAACTCAGATTCTAAG ATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCTGG
genomic: CAAAGAGACCCTCAAATTCATACTCAGTTTCACCAAACTCAGATTCTAAGgtgtgtgctt ... tcatctgtagATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCTGG
atgtttttaaagagattaagatatgctttctgttctgtgtcttcatcatctgtagATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCTGGCAAAGGAGATGCGGTATTTATGGTGTCAGCTCCTCATTACTGGTGCATA
tcttcatc CT-rich tract
tttaaagagattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcttggtacattagaatgcaatgcttcaacggtttctttatatatgtttttaaagagattaagatatgctttctgttctgtgtcttcatcatctgtagATTGAATCAAAGAGGCGCAAGAGATAAATGCTGCGGCAGAAGCACCCCTGGCAAAGGAGATGCGGTATTTATGGTGTCAGCTCCTCATTACTGGTGCATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC