Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taaacaatcttggtagattttaattttcacgtctccaagttttaaatcattatttatcataacatctttgctcttttctttaaaaagctctaatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G090087_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G090087_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g45960.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
taaacaatcttggtagattttaattttcac---gtctccaagtttta-aatcattatttatcataacatctttgctcttttc------tttaaaaagctctaatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA
          |  || |||| || ||  ||    |  |  |   | | | |     || |  | ||      ||     ||        ||    | || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| || |||||||  
----------tactatatttaaacttgtactgtataactgacactgacagtggcagttaacaacaatgctcatgtatgctttgacgaacttcggtatctttaatatgcagGTATCTCATGTATGGAGATATATCTGCCAAAGCTGCAAACATGCTTGGTCAACCTGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211124834|gb|FL408235.1|FL408235
EST:     CTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCA
genomic: CTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCT-CCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCA
EST: gi|60339011|gb|DN205984.1|DN205984
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211306987|gb|FL381273.1|FL381273
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211108216|gb|FL373163.1|FL373163
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211484357|gb|FL369749.1|FL369749
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTG
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTG
EST: gi|28422609|gb|CB251943.1|CB251943
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|149071327|gb|EE159720.2|EE159720
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211017676|gb|FL418607.1|FL418607
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211332403|gb|FL404941.1|FL404941
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCT
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCT
EST: gi|211336214|gb|FL371115.1|FL371115
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|148958687|gb|EC904955.2|EC904955
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|60346857|gb|DN213830.1|DN213830
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211451569|gb|FL371208.1|FL371208
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211431745|gb|FL408447.1|FL408447
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGG
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGG
EST: gi|211266997|gb|FL420589.1|FL420589
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGCGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211521606|gb|FL412480.1|FL412480
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211204247|gb|FL383416.1|FL383416
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCAT--GCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|8367516|gb|BE050461.1|BE050461
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211112947|gb|FL390931.1|FL390931
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GNACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAAGCTGCGCATATGCTGGG
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAA-GCTGCGCATATGCTGGG
EST: gi|211228711|gb|FL216929.1|FL216929
EST:     CACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: CACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|60399068|gb|DN231882.1|DN231882
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211278595|gb|FL376807.1|FL376807
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATAT
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATAT
EST: gi|211533298|gb|FL400243.1|FL400243
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|94472231|gb|EB701189.1|EB701189
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211228709|gb|FL216927.1|FL216927
EST:     CACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: CACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211384979|gb|FL400571.1|FL400571
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211390609|gb|FL418018.1|FL418018
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTG
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTG
EST: gi|211087311|gb|FL378409.1|FL378409
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211059652|gb|FL374524.1|FL374524
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCG
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCG
EST: gi|211097512|gb|FL395914.1|FL395914
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211410539|gb|FL375656.1|FL375656
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211337034|gb|FL418406.1|FL418406
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCA
EST: gi|211387597|gb|FL400573.1|FL400573
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGC
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGC
EST: gi|211434782|gb|FL426801.1|FL426801
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGC
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGC
EST: gi|27522050|gb|CA989156.1|CA989156
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211524408|gb|FL405472.1|FL405472
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATG
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATG
EST: gi|211156670|gb|FL403860.1|FL403860
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCA
EST: gi|211003075|gb|FL395295.1|FL395295
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATAT
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATAT
EST: gi|211214281|gb|FL374170.1|FL374170
EST:     TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAG                         GTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAA
genomic: TCTAAATGCCCAAAGCATGGACTTCACAACCCACTTAAAGCTCCAGAGAGgtgtgtttga ... taatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcattatttatcataacatctttgctcttttctttaaaaagctctaatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA
     tatttatcataacat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taaacaatcttggtagattttaattttcacgtctccaagttttaaatcattatttatcataacatctttgctcttttctttaaaaagctctaatgtgcagGTACCTCATGTATGGAGATATATCTGCAAAAGCTGCGCATATGCTGGGCCAACCTGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
-aaacaat