Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttaagggttcaaacaatttgatttttgctagtgagtgggtaattaacttaataacaaagtttttttttgattcacatttttctcattactttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G088140_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G088140_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-tttaagggttcaaacaatttgatttttgctagtgagtgggtaattaacttaataacaaagtttttttttgattcacatttttctcattactttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAAC---ACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG
   ||    |    |  ||     |||   |           | || |  |||||| | || ||| ||||| ||| ||||||||   | ||| | |  ||| ||||||| ||||| ||||||||   ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| |||
aactattcatctggatgatgcttctttattttacatagattcatttgatgtaataatatagatttgttttg-ttctcatttttcctttcactcttttacagCCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211496288|gb|FL041700.1|FL041700
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAA                         GCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCAC
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAAgtaagcagtt ... tttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCAC
EST: gi|9952446|gb|BE639029.1|BE639029
EST:     CACCTGGGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAA                         GCTATGATTCCACCTTATGGAACACC
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAAgtaagcagtt ... tttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAACACC
EST: gi|60355311|gb|DN222284.1|DN222284
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAA                         GCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCT
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAAgtaagcagtt ... tttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCT
EST: gi|211355418|gb|FL036286.1|FL036286
EST:     CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAA                         GCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCT
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAAgtaagcagtt ... tttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCT
EST: gi|71442579|gb|DR823629.1|DR823629
EST:     CGCCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAA                         GCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCT
genomic: CACCTGTGGCATCAAGTCCACAGGGTCATCCTTTCATGTGGGGAGCTCAAgtaagcagtt ... tttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacttaataacaaagtttttttttgattcacatttttctcattactttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAACACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG
                          ttcacatttttctcat  CT-rich tract
     aataacaaagtttttt  TA-rich tract