1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gcatgcactaaattacaagagttactctctcttctatttgagacttgattggagtgatgcttatattcttttcttttttgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTACTTGGTCATGGTGGGCTATACCCTTTGCTGCAGCAGCTTAATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G088088_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|13558022|gb|BG549378.1|BG549378
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTEST: gi|211413307|gb|FL164847.1|FL164847
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTCCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCAAAAGTGTCC-TGAEST: gi|211376201|gb|FL253486.1|FL253486
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTG-CCGTGA
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCEST: gi|211410763|gb|FL164838.1|FL164838
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGC
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTCCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAGGTGTCGTGATEST: gi|211410766|gb|FL164841.1|FL164841
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTCCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAA-GTGTCGTGATEST: gi|211008179|gb|FL253536.1|FL253536
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|211466274|gb|FL273965.1|FL273965
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGGATGT-CGTGAACAG GCTGTATGGGCCTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCC-TGATEST: gi|211466276|gb|FL273967.1|FL273967
genomic: CATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGG-ATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCA-CTCCCTCAGCGAAGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGGTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|211466277|gb|FL273968.1|FL273968
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCTTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAA GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGGGACTCCCCAAAGTGC-GTGATEST: gi|211468797|gb|FL273972.1|FL273972
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAAGATGTTCGTGAACAA GCTGTATGGGGCTTTAGGTAATGTTGCCTGG-GACCTCCCCAAAGGGCCGTEST: gi|29167750|gb|CB411010.1|CB411010
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGG-CTTTAGGTAATGTTGC-TGGTGAC-TCCCCAAAGTGCCGT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAEST: gi|211466272|gb|FL273963.1|FL273963
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAA
EST: ATTCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAACGAAGATGGTCGTGAAACAG -CTGTATGGGCCTTAGGTAAATGTTGCTGGTGACTCCCCCAAGTGCCGTGEST: gi|18053175|gb|BM318833.1|BM318833
genomic: AT-CTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAA-CAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAA-TGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTG
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|211466270|gb|FL273961.1|FL273961
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCEST: gi|67023557|gb|CO452306.1|CO452306
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCC
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTCCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGTCGTGATEST: gi|211468798|gb|FL273973.1|FL273973
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAAGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGGTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|211008180|gb|FL253537.1|FL253537
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|78078677|gb|DV507089.1|DV507089
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|6865203|gb|AW360553.1|AW360553
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|18385029|gb|BM418228.1|BM418228
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|22489097|gb|BU049020.1|BU049020
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATEST: gi|211331752|gb|FL022649.1|FL022649
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCCTCAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcacta ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
ctatttgagacttgattggagtgatgcttatattcttttcttttttgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTACTTGGTCATGGTGGGCTATACCCTTTGCTGCAGCAGCTTAATG
acttgat putative branch site (score: 598)
tgcttatattcttttc putative PPT
ttatattcttttcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcatgcactaaattacaagagttactctctcttctatttgagacttgattggagtgatgcttatattcttttcttttttgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTACTTGGTCATGGTGGGCTATACCCTTTGCTGCAGCAGCTTAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT