1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agagtctgctagaatggacagcgatctgtagatatcttgtctcaatgctttactactaccgatctttgtcaactgtactgagatcacaatggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGGGTGGAGCGCAGAGTGGGGACGTCATCATGAGAATGATGGCAAGGAACT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G087598_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|5468910|gb|AI834701.1|AI834701
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: TGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|13315943|gb|BG410291.1|BG410291
genomic: TGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|24934237|gb|CA452455.1|CA452455
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|74235282|gb|DT643196.1|DT643196
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|4688537|gb|AI637207.1|AI637207
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: TGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGGGTTGTGACCATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGGTCTCTGATEST: gi|83279003|gb|DV943011.1|DV943011
genomic: TGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagAT--GGTTGTGA-CATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCAT-GGTCTCTGAT
EST: TAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|149086842|gb|EE176390.2|EE176390
genomic: TAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|5081174|gb|AI738331.1|AI738331
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|211130727|gb|FL008628.1|FL008628
genomic: CTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTG--A--C---AT-TC-GAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|24934160|gb|CA452378.1|CA452378
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|149089171|gb|EE178359.2|EE178359
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTGAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|32866642|gb|CF006324.1|CF006324
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: GGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|76011445|gb|DT938615.1|DT938615
genomic: GGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|78076092|gb|DV504526.1|DV504526
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|5757145|gb|AI964432.1|AI964432
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|88754818|gb|DY538959.1|DY538959
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|37377001|gb|CF625070.1|CF625070
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|4730570|gb|AI649736.1|AI649736
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: TGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|50334510|gb|CO529636.1|CO529636
genomic: TGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|5468966|gb|AI834757.1|AI834757
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|33467965|gb|CF245014.1|CF245014
genomic: CACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|13178114|gb|BG349372.1|BG349372
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|211188746|gb|FL459413.1|FL459413
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGEST: gi|13177829|gb|BG349177.1|BG349177
genomic: CCACTGGAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
EST: GAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAG ATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
genomic: GAGCTGCTGGTGACTTGCAGCAAATTACTGGCTTAGCCAAGCAGgtatactacc ... ggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agagtctgctagaatggacagcgatctgtagatatcttgtctcaatgctttactactaccgatctttgtcaactgtactgagatcacaatggttctgcagATGGTTGTGACATTCGGTATGTCTGAAATTGGTCCATGGTCTCTGATGGAGGGTGGAGCGCAGAGTGGGGACGTCATCATGAGAATGATGGCAAGGAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA