Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcggttactgtctttgtatgtttcaaaattctgttgtttgatgtttcatgaccataatctccttgttgctttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086497_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086497_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g54920.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaatcggttactgtct---------ttgtatgtttcaaaattctgttgtttgatgtttcatgaccataatctccttgttgctttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT
||||| ||||||  | |         || | | | |  |  || ||| ||||| |||| ||| | ||  || |  || ||  ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
gtaattggttacaatttacagcacagttatgtttgtttaggttgtgt-gtttgctgttccataatcagcatttt-ttattattttgttgcagCAAAACCAGCATATTATAACTATGTCTGTGCGATGTTACTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149101731|gb|EE187868.2|EE187868
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|149004863|gb|EE039371.2|EE039371
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|40334535|gb|CK368605.1|CK368605
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|16919565|gb|BM074252.1|BM074252
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|93014938|gb|EB640458.1|EB640458
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|211314374|gb|FL453743.1|FL453743
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|149004864|gb|EE039372.2|EE039372
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACCACTATGTATGTGTGATGTTGCTACT
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACT
EST: gi|32928610|gb|CF033422.1|CF033422
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|28982919|gb|BQ538440.2|BQ538440
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|91051590|gb|EB162008.1|EB162008
EST:     TGGGGTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|149101732|gb|EE187869.2|EE187869
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|6865283|gb|AW360633.1|AW360633
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|116814069|gb|EC856569.1|EC856569
EST:     GAGA-AGGCTG-CTG                         CAAAA-CAGCATACTACAACTATGTATGTGTGAT-TTGCTACTGAATGGCA
genomic: GAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|37376236|gb|CF624626.1|CF624626
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|78075810|gb|DV504244.1|DV504244
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCT
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCT
EST: gi|149077476|gb|EE166172.2|EE166172
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|20507678|gb|BQ279726.1|BQ279726
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|211021098|gb|FL442866.1|FL442866
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|211067046|gb|FL326742.1|FL326742
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|149077477|gb|EE166173.2|EE166173
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|71310300|gb|DR791442.1|DR791442
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
EST: gi|71306891|gb|DR789602.1|DR789602
EST:     TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA
genomic: TGGGCTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaattctgttgtttgatgtttcatgaccataatctccttgttgctttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT
           gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                 tctccttgttgcttt  putative PPT
                                             tttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatcggttactgtctttgtatgtttcaaaattctgttgtttgatgtttcatgaccataatctccttgttgctttattgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGTGATGTTGCTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA