Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtagctaaacttctcatacatcaaacctattgctggtaccagtgctccatgagtggggagcaaatgatttggccagtttttgagtcagtggaatatccgtttatttaactgctgattttacctttttatgtttataatcatttttgtgctggaatgtttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083836_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgtagctaaacttctcatacatcaaacctattgctggtaccagtgctccatgagtggggagcaaatgatttggccagtttttgagtcagtggaatatccgtttatttaactgctgattttacctttttatgtttataatcatttttgtgctggaatgtttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG
                                                               |  ||  |  ||  ||   || || |   ||| |    ||| | | | |   ||  |   | |  |||| |    |  | || | ||||||||| | | |   ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  | ||  |||| |||   ||
--------------------------------------------------------------taggtg--taagcatgtgaatgtgttacatgaacagaaattt-tgtcattatcgacct-gtcatagtatgatcccta--acttatttgctggaatatct-tccaaagGTTGGTGAGTTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211129628|gb|FL442090.1|FL442090
EST:     GGATGTTCTGGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: GGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|33100320|gb|CF060280.1|CF060280
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGAAAAAAGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|40334584|gb|CK368654.1|CK368654
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|31355350|gb|CD439707.1|CD439707
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|4610072|gb|AI600911.1|AI600911
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32843846|gb|CD983527.1|CD983527
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGCTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32935917|gb|CF040729.1|CF040729
EST:     TTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|19351358|gb|BM895890.1|BM895890
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|61119073|gb|DN560034.1|DN560034
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|17929648|gb|BM266608.1|BM266608
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|78026378|gb|DV494765.1|DV494765
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|148938651|gb|EC882983.2|EC882983
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32929972|gb|CF034784.1|CF034784
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGACCGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|213171245|gb|FM192549.1|FM192549
EST:     GGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: GGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32933328|gb|CF038140.1|CF038140
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|148983060|gb|EE028970.2|EE028970
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|5343238|gb|AI795423.1|AI795423
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|149095952|gb|EE181618.2|EE181618
EST:     TCAATGATGATGCCAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|78544242|gb|DV621740.1|DV621740
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|5108415|gb|AI740128.1|AI740128
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|19769665|gb|BQ034386.1|BQ034386
EST:     AATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCCAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: AATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|33100053|gb|CF060013.1|CF060013
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|15209114|gb|BI430998.1|BI430998
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|5608055|gb|AI901722.1|AI901722
EST:     CTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: CTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|148995953|gb|EE035199.2|EE035199
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|33099622|gb|CF059582.1|CF059582
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|148958201|gb|EC904407.2|EC904407
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|19272530|gb|BM888786.1|BM888786
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|32857324|gb|CD997005.1|CD997005
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|60340066|gb|DN207039.1|DN207039
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|83279166|gb|DV943174.1|DV943174
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|6403398|gb|AW171873.1|AW171873
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|15082868|gb|BI389552.1|BI389552
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|44901355|gb|CK827900.1|CK827900
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
EST: gi|5804583|gb|AI979553.1|AI979553
EST:     TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAG                         GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG
genomic: TCAATGATGATGACAAGACGGTGGCTGCAATGGATGTTCTTGTGCCTAAGgtgtagctaa ... ttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattttacctttttatgtttataatcatttttgtgctggaatgtttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG
 tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                            tttatttc  putative PPT
     ttacctttttatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtagctaaacttctcatacatcaaacctattgctggtaccagtgctccatgagtggggagcaaatgatttggccagtttttgagtcagtggaatatccgtttatttaactgctgattttacctttttatgtttataatcatttttgtgctggaatgtttatttcaagGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA