1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtgtgccactagctgaaatttgttgctacttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G083716_T05 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
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ttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG
agctaaa putative branch site (score: 3)
tcttgtcc putative PPT
tatttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtgccactagctgaaatttgttgctacttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG