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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgccactagctgaaatttgttgctacttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083716_T04
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083716_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g02380.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgtgccactagctgaaatttg------ttgctacttgtatatttgattgatcaagtattgt---gttttcagctaaata------------ctg-tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG
|| ||| | ||| ||| |  ||       |  |||||||||  |  ||   | |||  | ||    || | | |||| |              || |||| | |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||    
gtatgctattagttgagacatgagacctctattacttgtatggtcaatctgttaagagtcgttaatttgtgaactaagtgaaaataattcatttgctctttttcagGTCGTTGCAGCTGGTGCCAATCCTGTGCAAATTACACGTGGTATCGAGAAAACTGCGAAAGCACTAGTTGAAGAGCTAAAGAAATTGTCAAAGGAG----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148983129|gb|EE029060.2|EE029060
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|148983089|gb|EE029008.2|EE029008
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|32849132|gb|CD988813.1|CD988813
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|149009207|gb|EE041320.2|EE041320
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|148963973|gb|EE015101.2|EE015101
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|32849348|gb|CD989029.1|CD989029
EST:     CANCCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|149080249|gb|EE169273.2|EE169273
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|8368423|gb|BE051368.1|BE051368
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|32935083|gb|CF039895.1|CF039895
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|149099158|gb|EE185183.2|EE185183
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|148941096|gb|EC885959.2|EC885959
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|148940496|gb|EC885295.2|EC885295
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|78080918|gb|DV509330.1|DV509330
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|32934340|gb|CF039152.1|CF039152
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|148961770|gb|EE012547.2|EE012547
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|33094317|gb|CF054311.1|CF054311
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|32933718|gb|CF038530.1|CF038530
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|32908575|gb|CF013388.1|CF013388
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|32849309|gb|CD988990.1|CD988990
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|149075815|gb|EE164351.2|EE164351
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|32848870|gb|CD988551.1|CD988551
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGTAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|71764884|gb|DR962821.1|DR962821
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 465

ATTGGTCAGGCAAGCTGCAGCTAAGACCAACGATCTTGCTGGAGATGGGACAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1503

ATTGGTCAGGCAAGCTGCAGCTAAGACCAACGATCTTGCTGGAGATGGGACAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 156

ATTGGTCAGGCAAGCTGCAGCTAAGACCAACGATCTTGCTGGAGATGGGACAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 585

ATTGGTCAGGCAAGCTGCAGCTAAGACCAACGATCTTGCTGGAGATGGGACAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG
                                 agctaaa  putative branch site (score: 585)
                                             tcttgtcc  putative PPT
     tatttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgccactagctgaaatttgttgctacttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG