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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgccactagctgaaatttgttgctacttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083716_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083716_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g02380.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgtgccactagctgaaatttg------ttgctacttgtatatttgattgatcaagtattgt---gttttcagctaaata------------ctg-tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG
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gtatgctattagttgagacatgagacctctattacttgtatggtcaatctgttaagagtcgttaatttgtgaactaagtgaaaataattcatttgctctttttcagGTCGTTGCAGCTGGTGCCAATCCTGTGCAAATTACACGTGGTATCGAGAAAACTGCGAAAGCACTAGTTGAAGAGCTAAAGAAATTGTCAAAGGAG----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211053293|gb|FL359912.1|FL359912
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTGGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
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EST: gi|148963973|gb|EE015101.2|EE015101
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|149080249|gb|EE169273.2|EE169273
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
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EST: gi|211083481|gb|FL326825.1|FL326825
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EST: gi|148983089|gb|EE029008.2|EE029008
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
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EST: gi|211425622|gb|FL361850.1|FL361850
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EST: gi|211509889|gb|FL321846.1|FL321846
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EST: gi|148940496|gb|EC885295.2|EC885295
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EST: gi|8368423|gb|BE051368.1|BE051368
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EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTA
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EST: gi|149009207|gb|EE041320.2|EE041320
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EST: gi|211388667|gb|FL330060.1|FL330060
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
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EST: gi|32933718|gb|CF038530.1|CF038530
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
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EST: gi|67023569|gb|CO452318.1|CO452318
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EST: gi|32908575|gb|CF013388.1|CF013388
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|211055913|gb|FL348005.1|FL348005
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTGGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
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EST: gi|148983129|gb|EE029060.2|EE029060
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EST: gi|71764884|gb|DR962821.1|DR962821
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EST: gi|32849309|gb|CD988990.1|CD988990
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
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EST: gi|32848870|gb|CD988551.1|CD988551
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGTAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
EST: gi|211402127|gb|FL345609.1|FL345609
EST:     CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAG                         GTCGTAGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA
genomic: CAACCACCTCTGTGGTCCTTGCTCAGGGGCTGATTGCTGAGGGTGTTAAGgtgtgccact ... tcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG
                                 agctaaa  putative branch site (score: 3)
                                             tcttgtcc  putative PPT
     tatttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgccactagctgaaatttgttgctacttgtatatttgattgatcaagtattgtgttttcagctaaatactgtcttgtccagGTCGTGGCAGCTGGTGCTAATCCTGTTCAGATTACTCGTGGTATTGAGAAAACAGCTAAAGCACTAGTTGAAGAACTAAGGAAGTTGTCTAAGGAGGTTG

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
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