1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tcaattagattatttgggagtaaatgctcaattcagtgaaattgagctccaaccaggcagggcatggctattgtcttgattgttttatcttgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G082976_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCEST: gi|37379052|gb|CF626253.1|CF626253
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTC
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCATATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCEST: gi|42491916|gb|CK700962.1|CK700962
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTC
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGEST: gi|37378913|gb|CF626178.1|CF626178
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGG
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCCTATTGGGCTTCTCTAT-CTAGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTEST: gi|78543826|gb|DV621324.1|DV621324
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCT-GGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCT
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCEST: gi|88754119|gb|DY538260.1|DY538260
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTC
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCEST: gi|26457330|gb|CA828913.1|CA828913
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTC
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCEST: gi|4573306|gb|AI586865.1|AI586865
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTC
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCEST: gi|31353782|gb|CD438139.1|CD438139
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTC
EST: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGG GTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTC
genomic: ATATGAGCTTTCTGGGCCTGTTCACCTTTACGGCTGCATACTTACCATGGgtaaatgttc ... tgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTC
gctccaaccaggcagggcatggctattgtcttgattgttttatcttgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCTTG
tcttgat putative branch site (score: 172)
ttttatctt putative PPT
attgttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaattagattatttgggagtaaatgctcaattcagtgaaattgagctccaaccaggcagggcatggctattgtcttgattgttttatcttgaatctcagGTCCTATTGGGCTTCTCTATCCTGGTGGGAAGCAGCACATGGGTTGATCTCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - aatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaggca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgattg