1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aactgtgtaatccagtttgagtctctactattttttgtctttaagattatgtatgctcagaatatactagtaaatttacattcacttgtttcccttgcagGTACTTGAATGCTATACAGACAAATGCACACCATCTTATTAGGTATCTAGCTACTGCAGTTGTTGTCAACAAAAGGAGAAGGAATATGCTTGAAGAGTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G076337_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCATGAAAATGGTAGAAATGGGATCATTGATCTGTTCTTCCAGGACAG GTACTTGAATGCTATACAGACAAATGCACACCATCTTATTAGGTATCTAGCEST: gi|211407818|gb|FL480458.1|FL480458
genomic: AACCATGAAAATGGTAGAAATGGGATCATTGATCTGTTCTTCCAGGACAGgtttgtctgt ... tcccttgcagGTACTTGAATGCTATACAGACAAATGCACACCATCTTATTAGGTATCTAGC
EST: AMCCATGAAAATGGTAGAAATGGGATCATTGATCTGTTCTTCCAGGACAG GTACTTGAATGCTATACAGACAAATGCACMCCATCTTATTAGGTATCTAGC
genomic: AACCATGAAAATGGTAGAAATGGGATCATTGATCTGTTCTTCCAGGACAGgtttgtctgt ... tcccttgcagGTACTTGAATGCTATACAGACAAATGCACACCATCTTATTAGGTATCTAGC
attatgtatgctcagaatatactagtaaatttacattcacttgtttcccttgcagGTACTTGAATGCTATACAGACAAATGCACACCATCTTATTAGGTATCTAGCTACTGCAGTTGTTGTCAACAAAAGGAGAAGGAATATGCTTGAAGAGTTG
ttcacttgtttccctt CT-rich tract
aatatactagtaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aactgtgtaatccagtttgagtctctactattttttgtctttaagattatgtatgctcagaatatactagtaaatttacattcacttgtttcccttgcagGTACTTGAATGCTATACAGACAAATGCACACCATCTTATTAGGTATCTAGCTACTGCAGTTGTTGTCAACAAAAGGAGAAGGAATATGCTTGAAGAGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgc