Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagtttgttgctttactttctcacatttattgtttgaacactcaagtaagcatgttgtgcacctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTGGTTATAGTGCTCAGGGAACGGGATCTACTTTGATTATGCCAGTCCTGGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G074386_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G074386_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g32800.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
--------------------------------------gtaaagtttgttgctttactttctcacatttattgtttgaacactcaagtaagcatgttgtgcacctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTGGTTATAGTGCTCAGGGAACGGGATCTACTTTGATTATGCCAGTCCTGGA------
                                       ||   ||| |   |||  |    || || ||||  |  || |   || ||| ||  |     |  | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||      
gtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaa-taaacacatatcttattttcacagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTACAGTGCACAGGGAACAGGATCTGCTTTGATCATGCCAGTGCTGGACAACCA

upper sequence: GRMZM2G074386_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g32800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-------------------------------------------gtaaagtttgttgctttactttctcacatttattgtttgaacactcaagtaagcatgttgtgcacctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTGGTTATAGTGCTCAGGGAACGGGATCTACTTTGATTATGCCAGTCCTGGA
                                            ||   ||| |   |||  |    || || ||||  |  || |   || ||| ||  |     |  | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||
gtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaa-taaacacatatcttattttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTACAGTGCACAGGGAACAGGATCTGCTTTGATCATGCCAGTGCTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30087523|gb|CB885729.1|CB885729
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGCGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGCGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|32803580|gb|CD955816.1|CD955816
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|149016788|gb|EE154282.2|EE154282
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|45847129|gb|CN071072.1|CN071072
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTACGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|71428371|gb|DR809421.1|DR809421
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|30087522|gb|CB885728.1|CB885728
EST:     GCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCGCCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: GCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|31362426|gb|CD446783.1|CD446783
EST:     TCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: TCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|32938641|gb|CF043460.1|CF043460
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|149088717|gb|EE177839.2|EE177839
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|78106986|gb|DV525404.1|DV525404
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|17930931|gb|BM267891.1|BM267891
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCATTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|32938447|gb|CF043266.1|CF043266
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAACGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|67031178|gb|CO459927.1|CO459927
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|74239718|gb|DT647632.1|DT647632
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|24769350|gb|CA404479.1|CA404479
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|149111500|gb|EE295003.2|EE295003
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|32847010|gb|CD986691.1|CD986691
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|60352481|gb|DN219454.1|DN219454
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|61118932|gb|DN559893.1|DN559893
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|14243859|gb|BG841581.2|BG841581
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|17932205|gb|BM269165.1|BM269165
EST:     TCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: TCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|76013087|gb|DT940257.1|DT940257
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|40302852|gb|CK347239.1|CK347239
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|74240043|gb|DT647957.1|DT647957
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|60340468|gb|DN207441.1|DN207441
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|78109496|gb|DV527912.1|DV527912
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
EST: gi|14243256|gb|BG840908.2|BG840908
EST:     CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGG                         GGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG
genomic: CTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtttg ... acctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttctcacatttattgtttgaacactcaagtaagcatgttgtgcacctgcacagGGAAAGGGTGTGTTTTCACCTATGATGCAGTAGGTTCCTATGAGAGAACTGGTTATAGTGCTCAGGGAACGGGATCTACTTTGATTATGCCAGTCCTGGA
  ttctcac  putative branch site (score: 2)
         atttattgtttgaa  TA-rich tract