Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtattttagttctttattgggttcatcatacagacagtttagcaggtgtctaacttactgttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070422_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070422_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g23810.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-----------gtctgtattttagtt-ctttat-tgggttcatcatacagaca--gtttagcaggtgtctaacttactgttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT
            | | ||||||  ||  ||||| | | ||     |  | | |   |||| |   | |||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
gtttgtattatatttctatttttcttgttttatctagctttgctctgaaaataacatttaactcttatctaactatctcttgatacagGCTGCCTGATGGATCTCTTATGGAAATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTATGATTCCCCTGAAGATGTTCCTGAAGAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211305791|gb|FL318627.1|FL318627
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211393336|gb|FL308676.1|FL308676
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|31361470|gb|CD445827.1|CD445827
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211286546|gb|FL312257.1|FL312257
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|32914780|gb|CF019592.1|CF019592
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211468357|gb|FL359309.1|FL359309
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|67017641|gb|CO446390.1|CO446390
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|31356384|gb|CD440741.1|CD440741
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|67019739|gb|CO448488.1|CO448488
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211007421|gb|FL345275.1|FL345275
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211308112|gb|FL334851.1|FL334851
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|32914888|gb|CF019700.1|CF019700
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211433427|gb|FL362817.1|FL362817
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|24774150|gb|CA409404.1|CA409404
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211274498|gb|FL347705.1|FL347705
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211525761|gb|FL336364.1|FL336364
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211399086|gb|FL329174.1|FL329174
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|67042246|gb|CO468501.1|CO468501
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|84980240|gb|DW530589.1|DW530589
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|6526869|gb|AW216132.1|AW216132
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|6022101|gb|AW067029.1|AW067029
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211283609|gb|FL349544.1|FL349544
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211486128|gb|FL325707.1|FL325707
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211253629|gb|FL364837.1|FL364837
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCCTCT-ATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATG
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATC-TCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATG
EST: gi|211385451|gb|FL308647.1|FL308647
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATC
EST: gi|31355683|gb|CD440040.1|CD440040
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|6021144|gb|AW066072.1|AW066072
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211391003|gb|FL321745.1|FL321745
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211430723|gb|FL358038.1|FL358038
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211021063|gb|FL329760.1|FL329760
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTNGT-AAAGTCTATCCACTTGATG
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATT-GTTAAAGTCTATCCACTTGATG
EST: gi|24774154|gb|CA409408.1|CA409408
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211507944|gb|FL346101.1|FL346101
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211468358|gb|FL359310.1|FL359310
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211474665|gb|FL315664.1|FL315664
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211088687|gb|FL328958.1|FL328958
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|28910331|gb|CB331385.1|CB331385
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211457493|gb|FL333166.1|FL333166
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211298039|gb|FL348705.1|FL348705
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211135434|gb|FL356365.1|FL356365
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|6636971|gb|AW261243.1|AW261243
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|31353471|gb|CD437828.1|CD437828
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|7162427|gb|AW520049.1|AW520049
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|29576949|gb|CB617061.1|CB617061
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211164083|gb|FL357846.1|FL357846
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|24774062|gb|CA409316.1|CA409316
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|31354494|gb|CD438851.1|CD438851
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|32908050|gb|CF012863.1|CF012863
EST:     GTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: GTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|78023662|gb|DV492049.1|DV492049
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211154562|gb|FL361241.1|FL361241
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211267880|gb|FL003945.1|FL003945
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211327096|gb|FL352863.1|FL352863
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211298034|gb|FL348700.1|FL348700
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|88751885|gb|DY536026.1|DY536026
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGAAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211480969|gb|FL350629.1|FL350629
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211385522|gb|FL311833.1|FL311833
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211265428|gb|FL346823.1|FL346823
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211508160|gb|FL357204.1|FL357204
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGCAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|71766309|gb|DR964246.1|DR964246
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGC
EST: gi|211072240|gb|FL315242.1|FL315242
EST:     AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA                         GCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGAT
genomic: AACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 612

GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 262

GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 145

GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1663

GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAAgtctgtattt ... gttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattgggttcatcatacagacagtttagcaggtgtctaacttactgttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT
                                    taactta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctgtattttagttctttattgggttcatcatacagacagtttagcaggtgtctaacttactgttgatacagGCTGCCAGATGGATCTCTTATGGATATTGTTAAAGTCTATCCACTTGATGCTGTCTACGATTCCCCTGATGATGTTCCTGAAGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA