Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcctatgtgttagagagaaaaaagtacacccagattattgtgacttacatcctttttttcagtatcttgagttgtacttacacattcctgctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAAGAAACTCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069827_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069827_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g01350.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
tcctatgtgttagagagaaaaaagtacacccagattattgtgacttacatcctttt---tttcagtatcttgagttgtactta-cacat-tcctg--ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAAGAAACTCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAG
       | | || | |   |     | |||     ||||    ||  |   | ||   | | |  |||||   | |     | |  ||  ||||  | |    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
-------tttaagtgcggttatcaaccgcccttgaaattgcttgttggactatcttgagtattatcatcttttttcgcgtaaaacgaatgccctgatccacctgtagAATATGCAAGATGAAATGACTGACCTGATGGATGTGAGCAACGAAATACAAGAATCCCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGACGATGTTGATGAGGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5608282|gb|AI901949.1|AI901949
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGGCGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|211285438|gb|FL461534.1|FL461534
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|21432410|gb|BQ547900.1|BQ547900
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|211462343|gb|FK983884.1|FK983884
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATG
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATG
EST: gi|60354422|gb|DN221395.1|DN221395
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|29543516|gb|CB603898.1|CB603898
EST:     GTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: GTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|37375699|gb|CF624304.1|CF624304
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|4646509|gb|AI491649.2|AI491649
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|76915903|gb|DV166159.1|DV166159
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|211257952|gb|FL452751.1|FL452751
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|21432431|gb|BQ547921.1|BQ547921
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|32935617|gb|CF040429.1|CF040429
EST:     GTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGCCAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: GTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|211257951|gb|FL452750.1|FL452750
EST:     AAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAAACTGTCAAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGCTCTHSMTGGACGTGAGCAATGAGATACA
genomic: AAGGAGCTCAAGGGAATGATG-AAAACTGTC-AAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCT-GATGGACGTGAGCAATGAGATACA
EST: gi|8665725|gb|BE186541.1|BE186541
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
EST: gi|71775453|gb|DR973331.1|DR973331
EST:     ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGAT                         AATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA
genomic: ACAAGGAGCTCAAGGGAATGATGAAAACTGTCAAAATTGATGAAATTGATgtatgtgttg ... ctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacatcctttttttcagtatcttgagttgtacttacacattcctgctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAAGAAACTCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAG
                             tacttac  putative branch site (score: 1)
                                       ttcctgct  putative PPT
       tttttttca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcctatgtgttagagagaaaaaagtacacccagattattgtgacttacatcctttttttcagtatcttgagttgtacttacacattcctgctattcatagAATATGCAAGATGAAATGACAGATCTGATGGACGTGAGCAATGAGATACAAGAAACTCTTGGTAGAAGCTACAACATCCCTGATGACGTTGACGAGGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC