Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtgcagtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069765_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069765_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g34690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtgcagtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG
| || | | | | || |||| || | || | || | | || | | | | ||| | | | || || |||| | | | | |||| | | | | | |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
---------------------------------------------------gtatgtggaacgttagatgttttctctctgttgagtactactgatgaaattattagtctgatgtgttaaattgccaatattttctg-ctaatgtatgaattagtactta---atctaactttcttgtcactctttggcagTCTATGATTGAGCTAAGCCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACAACATCTGTCATTGTTTTAG

upper sequence: GRMZM2G069765_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G28650.3 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtgcagtctgatttatgttgcaagtcccatgtaccta-attgtggttgtgttaa----tgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG
| || || ||| || | | | ||||| | ||| || | | | | || | | || | | | | | | || | || || | | | ||| | || || | |||| | | ||| | | || | | ||||||||||| || ||||||| || || ||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||| |
------------gtatttgtatctt--ttgcttcactttattgatattgctgtcacacatacgttatacatactgctatatactgcactgcactccagactatgtcttgtgaaaacatcacttctgtgaatctaaggcttagtttctctttattgtgaaacttaccaacactgtcctcttattggaatgtatacagTCTATGATTGAGTTAAGTCGCACCCAAGATGAAGAAGTCGGAGATGGAACGACATCTGTCATCATTCTTG

upper sequence: GRMZM2G069765_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G35760.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtgcagtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG
|| | || | || || || | | | | ||| || ||| |||| | | ||| | | || | | ||||||||||||| ||| | ||||| || || |||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||| |
----------------------------------------------------------------------------------------gtgaaaccatggctttct-ttctatgcattgactttttaaggtttaattgctgtttggtgt-gcaattttctaatactgctatattatttggatgg-atgcagTCTATGATTGAATTGAGTCGCACCCAAGATGAAGAAGTTGGAGATGGAACAACGTCTGTCATCATTCTTG

upper sequence: GRMZM2G069765_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G33380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagacc-ccatatatatacctaattgtatgtgcagtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtg--cagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG
|||| || | | | |||| || | | | | | || | || | | ||| | | | | | | || | ||| ||| || | | || | | | |||| | | ||| | | | | ||| | | | || || || | | ||||| ||||||||||| ||| ||||||| || || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| |
gtat-ttgtatcttttgcttcgctttattgatattgctttgtcacacatacattataca--tactgc-tatatactgcactgcactcca-ggctatgtcttgtgaaagcatcacttctgt---taatctaaggcttagtttc-tctttattgtgaaacttaataactctgtttctcttatttgaatgtatacagTCTATGATTGAATTAAGTCGCACCCAAGACGAAGAAGTTGGAGATGGAACAACATCTGTCATCATTCTTG

upper sequence: GRMZM2G069765_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT5G26360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtgcagt-ctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG
| | | |||| | ||| | || || || | || || | || | | || || | || | || ||||||| ||||| || | || ||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||
----------------------------------------------------------------------------------------------------------gttttacttctg-acctttctctatctattgttcttgttaaaatt----gttttacttatccatttttgactctggtgat-tgcagTCAATGATTGAGTTGAGCCGTACGCAAGATGAAGAAGTTGGTGATGGGACAACGTCTGTTATTGTTCTAG

upper sequence: GRMZM2G069765_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv17s0000g08170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtg-cagtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG
||| | | | |||| | || | | | | | | || || | | | || | |||| ||| | || | | | || ||||| ||||| ||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |
---------------------------------------------------------------------------atttttttagcttttaaattttttctgttgggcttc---tgtcaatttagttcctcaaaactctgtcatcttagttgtgagttttttatatatgact-----tg---------acagTCCATGATTGAATTAAGCCGCACACAAGATGAAGAAGTTGGTGATGGAACTACTTCAGTCATTGTTCTTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149105498|gb|EE291023.2|EE291023
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211229383|gb|FL136771.1|FL136771
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|149082543|gb|EE171738.2|EE171738
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACGGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211229393|gb|FL136781.1|FL136781
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACGGGATGAAGAAAGTTGGTGATGGCAC
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAA-GTTGGTGATGGCAC
EST: gi|33093832|gb|CF053826.1|CF053826
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTAC
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTAC
EST: gi|6021027|gb|AW065955.1|AW065955
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211231448|gb|FL136784.1|FL136784
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACGGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|76014861|gb|DT942031.1|DT942031
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211231449|gb|FL136785.1|FL136785
EST:     TGGTAATGGCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCAC-CCCTGCTGGCCA-G                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAAGT-GNTGATGGCA
genomic: TGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTG-CCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAA-GTTGGTGATGGCA
EST: gi|33097192|gb|CF057152.1|CF057152
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGGCATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211229381|gb|FL136769.1|FL136769
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|22491088|gb|BU051011.1|BU051011
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211229392|gb|FL136780.1|FL136780
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAAAAGTT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTT
EST: gi|211229385|gb|FL136773.1|FL136773
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211231451|gb|FL136787.1|FL136787
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAANGAAAGT-GGTGATGGCA
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAA-GAA-GTTGGTGATGGCA
EST: gi|32865501|gb|CF005183.1|CF005183
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|19351773|gb|BM896305.1|BM896305
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211229388|gb|FL136776.1|FL136776
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211229394|gb|FL136782.1|FL136782
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211229386|gb|FL136774.1|FL136774
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|31354522|gb|CD438879.1|CD438879
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATCGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|22491149|gb|BU051072.1|BU051072
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|87153647|gb|DY398436.1|DY398436
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|211231450|gb|FL136786.1|FL136786
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
EST: gi|149084479|gb|EE173941.2|EE173941
EST:     ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG                         TCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT
genomic: ATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAGgtatgccaaa ... taatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG
                                          tgttaat  putative branch site (score: 3)
 atttatgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgccaaattatcttggttgcttagctgtggaagtctgttgatgaaattatcagtcaaccatcacatattttttcctttatggtggatggatttgtgttgcgagaccccatatatatacctaattgtatgtgcagtctgatttatgttgcaagtcccatgtacctaattgtggttgtgttaatgtgcagTCTATGATCGAACTAAGTCGTACACAGGATGAAGAAGTTGGTGATGGCACTACATCTGTCATTGTTCTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT