1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...agctagacatccatgatccataagtgcaaaatttttgttggagttggaagctcctgtggacttttggtgctattttcttatagaacttgttcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTTCCAAATTTTGACATAGCTTCTGATGCTTCGGCTACCTTTAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G066051_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTTGCA-G GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATNGA-GAAGTTCTTTGACTATATACAGEST: gi|78107219|gb|DV525637.1|DV525637
genomic: ATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATT-GCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACAT-GAAGAAGTTCTTTGACTATATACAG
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|18660671|gb|BM500986.1|BM500986
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|148999213|gb|EE036132.2|EE036132
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCCCCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGGCTATATACAGCTEST: gi|7844268|gb|AW787490.1|AW787490
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|6194845|gb|AW146949.1|AW146949
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|111192096|gb|EE290232.1|EE290232
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTG-GGGAATGT-TTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|148955827|gb|EC901514.2|EC901514
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATEST: gi|71328881|gb|DR801123.1|DR801123
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATAT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|31354689|gb|CD439046.1|CD439046
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|149041351|gb|EE046989.2|EE046989
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: ATTATGGTGTTATGTTGAGGGAAGGTATTCGCCAACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|78107218|gb|DV525636.1|DV525636
genomic: ATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCC-ACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: ATTATGGTGCTATG-TGNAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|32856027|gb|CD995708.1|CD995708
genomic: ATTATGGTGCTATGTTG-AGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|60354560|gb|DN221533.1|DN221533
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|149082296|gb|EE171481.2|EE171481
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: TTATGGTGCTATGTTGAGGGGATGTATTCGGCC-CCAAAGCATTTGCA-G GTATGTTTTAGAGEST: gi|6994177|gb|AW453391.1|AW453391
genomic: TTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCG-CCACCAAAGCATT-GCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAG
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|7844267|gb|AW787489.1|AW787489
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|6022524|gb|AW067557.1|AW067557
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|6445388|gb|AW179351.1|AW179351
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|6056599|gb|AW091004.1|AW091004
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|60350125|gb|DN217098.1|DN217098
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTEST: gi|211020659|gb|FL429513.1|FL429513
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
EST: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG GTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
genomic: CATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAGgtgatactac ... tcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCT
ggaagctcctgtggacttttggtgctattttcttatagaacttgttcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTTCCAAATTTTGACATAGCTTCTGATGCTTCGGCTACCTTTAAG
cttgttc CT-rich tract
tattttcttatagaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agctagacatccatgatccataagtgcaaaatttttgttggagttggaagctcctgtggacttttggtgctattttcttatagaacttgttcattgacagGTATGTTTTAGAGTCTGAACACATGAAGAAGTTCTTTGACTATATACAGCTTCCAAATTTTGACATAGCTTCTGATGCTTCGGCTACCTTTAAG
- - - - atccatg
- - - - - - - - - - - - - - - - -tttgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctcctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttggt