1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagttgccaggctaggcaatcattcagccttctctgggatagctgtagttttcccaacactgtttttttttgctatttttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAAAGGATACTACAAAGATGGACACAGATGATGCACCAAGTGATCCTGTCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G063676_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATG ATGCTGGAGGAGGATEST: gi|67029439|gb|CO458188.1|CO458188
genomic: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGAT
EST: CACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATG ATGCTGGAGGAGGATGTGGTAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAEST: gi|32931548|gb|CF036360.1|CF036360
genomic: CACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
EST: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTGTG ATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAEST: gi|71307557|gb|DR789997.1|DR789997
genomic: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
EST: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATG ATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAEST: gi|18654531|gb|BM499336.1|BM499336
genomic: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
EST: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATG ATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAEST: gi|31355297|gb|CD439654.1|CD439654
genomic: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
EST: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATG ATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAEST: gi|18654532|gb|BM499337.1|BM499337
genomic: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
EST: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATG ATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAEST: gi|32933060|gb|CF037872.1|CF037872
genomic: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
EST: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGGTTCAGCTGTG ATGCTGGAGGAGGATGCGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAEST: gi|18654538|gb|BM499343.1|BM499343
genomic: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
EST: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATG ATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
genomic: TTAAAGTGCGTCTCAACATCCACGGGATTGTCACAGTTGATTCAGCTATGgtaagttgcc ... ttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCA
ctgggatagctgtagttttcccaacactgtttttttttgctatttttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAAAGGATACTACAAAGATGGACACAGATGATGCACCAAGTGATCCTGTCT
ctgtttttttttgcta CT-rich tract
tttttttttgctattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttgccaggctaggcaatcattcagccttctctgggatagctgtagttttcccaacactgtttttttttgctatttttgcatgcagATGCTGGAGGAGGATGTGGCAGTTCCAGTCTCATCTGCTAATGAAGCTCCAAAGGATACTACAAAGATGGACACAGATGATGCACCAAGTGATCCTGTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG