Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttagtcaaatatcttatttcggccgtgttttcttactttagagcactaccacttcactatgtttggttgctttacacgttgaatgccaaattgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAGAGGATTAAGAAAGAAAGAGCCGAGGAGAAGCTTAGAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G062076_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G062076_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g01700.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
--------ttagtcaaatatcttatttcggccgtgttttcttactttagagcactaccacttcactatgtttggttgctttacacgttgaatgccaaattgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGA---CACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAGAGGATTAAGAAAGAAAGAGCCGAGGAGAAGCTTAGAAAG
        || |    || |||             |  | ||   ||| |||   |  | |||| ||| | |       ||||| || ||||  ||| ||   ||||| ||||| |||||||| ||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || || || |||||||||
aaaaaagtttggagggatgtctctccctccaaacctcattttttcttatagc-tgaaaatttcaatatatgt-------ttacatgtggaattgcaattttgtttcagTGATGAGGATGATGACGACGATGATGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAAAGAATCAAGAAAGAAAGAGCTGAAGAAAACCTTAGAAAG

upper sequence: GRMZM2G062076_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G13200.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
-ttagtcaaatatcttatttcggccgtgttttcttactttagagcactac--cacttcactatgtttg--gttgctttacacgttgaatgcca--aattgtgtt--cagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAGAGGATTAAGAAAGAAAGAGCCGAGGAGAAGCTTAGAAAG
  |  | || ||      |||     | || ||    ||| |   ||| |   |||  | |   ||    | |   |||||   |   |  |     | ||| |  |     ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||   ||| |||||||||||||  || |||| ||| || |||
aatgtttaactactggcgttccattctcttgtcgagtttttgttgacttcaatactctagttccttcaaaggtatcttacaatctatttatctttgttagTGATGACGAAAGTGACGATGATGATGAGGACGACACTGAAGCTCTTATGGCGGAACTCGACCAGATAAAGAAAGAAAGAGTGGAAGAGAGGCTCAGGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60357821|gb|DN224794.1|DN224794
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60348926|gb|DN215899.1|DN215899
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|22542576|gb|BU093014.1|BU093014
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|9731495|gb|BE510247.1|BE510247
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211094642|gb|FL030914.1|FL030914
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACTAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|19822011|gb|BQ048035.1|BQ048035
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|149074288|gb|EE162665.2|EE162665
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|14203855|gb|BG837532.1|BG837532
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|4646735|gb|AI621810.1|AI621810
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGNCGNCGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211079010|gb|FL148949.1|FL148949
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACNCTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|28987594|gb|CB351712.1|CB351712
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|27522103|gb|CA989209.1|CA989209
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|19770098|gb|BQ034819.1|BQ034819
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACCAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|22546523|gb|BU098834.1|BU098834
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60357589|gb|DN224562.1|DN224562
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211094641|gb|FL030913.1|FL030913
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|71318075|gb|DR795799.1|DR795799
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211094644|gb|FL030916.1|FL030916
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|4938781|gb|AI691189.1|AI691189
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60341620|gb|DN208593.1|DN208593
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|94479969|gb|EB708927.1|EB708927
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60357962|gb|DN224935.1|DN224935
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|44901479|gb|CK828024.1|CK828024
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211079009|gb|FL148948.1|FL148948
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|37391486|gb|CF632986.1|CF632986
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|37397360|gb|CF635977.1|CF635977
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|67015842|gb|CO444591.1|CO444591
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211079019|gb|FL148958.1|FL148958
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|19769787|gb|BQ034508.1|BQ034508
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|40334927|gb|CK368997.1|CK368997
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|71318073|gb|DR795798.1|DR795798
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGCCACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|28910213|gb|CB331325.1|CB331325
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|109637584|gb|EC591129.1|EC591129
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60395043|gb|DN227912.1|DN227912
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211540431|gb|FL210072.1|FL210072
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAG
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAG
EST: gi|60346299|gb|DN213272.1|DN213272
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60397411|gb|DN230227.1|DN230227
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60352503|gb|DN219476.1|DN219476
EST:     GAAATCGATGCTGATGATTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTTTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211444750|gb|FL452517.1|FL452517
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|18178582|gb|BM379792.1|BM379792
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|19822434|gb|BQ048458.1|BQ048458
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211079007|gb|FL148946.1|FL148946
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAAT
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAAT
EST: gi|19770347|gb|BQ035068.1|BQ035068
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|37393026|gb|CF633769.1|CF633769
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|28568978|gb|CB280853.1|CB280853
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGA
EST: gi|60338997|gb|DN205970.1|DN205970
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|22520729|gb|BU079540.1|BU079540
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|9794824|gb|BE553132.1|BE553132
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|21891526|gb|BQ744739.1|BQ744739
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|9742832|gb|BE518980.1|BE518980
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|22521454|gb|BU080265.1|BU080265
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|113667659|gb|DW832347.1|DW832347
EST:     CCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: CCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|40334706|gb|CK368776.1|CK368776
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|28569026|gb|CB280901.1|CB280901
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211540429|gb|FL210070.1|FL210070
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGC
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGC
EST: gi|17932392|gb|BM269352.1|BM269352
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211540435|gb|FL210076.1|FL210076
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|21828682|gb|BQ703366.1|BQ703366
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACCCTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60344935|gb|DN211908.1|DN211908
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211081741|gb|FL148961.1|FL148961
EST:     AAATCGATGCTGATGACTCCGATGGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGGATGACGACRACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTG
genomic: AAATCGATGCTGATGACTCCGATG-TGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATG-ATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTG
EST: gi|211079006|gb|FL148945.1|FL148945
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGA
EST: gi|211540434|gb|FL210075.1|FL210075
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGAC
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGAC
EST: gi|37378126|gb|CF625725.1|CF625725
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|148965262|gb|EC906100.2|EC906100
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|40335334|gb|CK369404.1|CK369404
EST:     GCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|24764934|gb|CA400095.1|CA400095
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGCCGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211076273|gb|FL148942.1|FL148942
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211079014|gb|FL148953.1|FL148953
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211276946|gb|FL388217.1|FL388217
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTG
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTG
EST: gi|26457681|gb|CA829264.1|CA829264
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211514736|gb|FL212670.1|FL212670
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|5607801|gb|AI901468.1|AI901468
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|76015323|gb|DT942493.1|DT942493
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|9794685|gb|BE552993.1|BE552993
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60394367|gb|DN227237.1|DN227237
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|60349874|gb|DN216847.1|DN216847
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
EST: gi|211453654|gb|FL478351.1|FL478351
EST:     GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAG                         CGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA
genomic: GAAATCGATGCTGATGACTCCGATGTGGAGCCTAAAAGCGATGACGAGAGgtatgtacca ... ttgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaccacttcactatgtttggttgctttacacgttgaatgccaaattgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAGAGGATTAAGAAAGAAAGAGCCGAGGAGAAGCTTAGAAAG
            tatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttagtcaaatatcttatttcggccgtgttttcttactttagagcactaccacttcactatgtttggttgctttacacgttgaatgccaaattgtgttcagCGATGAAGATGATGATGACGACGACACTGAAGCTCTAATGGCAGAGCTTGAGAGGATTAAGAAAGAAAGAGCCGAGGAGAAGCTTAGAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaatgc