Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgtaggctgggaaacttggtttttgtattattgaacataactagctatatattaactcgttttatgtgtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAACACACATCTTGCCTTGAACACATACCTTGTTGGACATTCTGTTACTCTAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G059580_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G059580_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os06g37440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gtaagttgtaggctgggaaacttggtttttgtattattgaacataactagctatatattaactcgttttatgtgtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAACACACATCTTGCCTTGAACACATACCTTGTTGGACATTCTGTTACTCTAG
|||||||| |   | ||    ||   || | |  |||||| | |    |    ||   |||      | || |   | |||||  |||||||   |||||| ||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
gtaagttgaataattggtgtatttccttctct-ctattgagcgttggcaatc-tacgataatctaaat-at-tacatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACACACACCTTGCTTCAAACACATACCTTGTTGGGCATTCAGTTACTCTAG

upper sequence: GRMZM2G059580_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G57720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
-----------------------------------------------------------gtaagttgtaggctgggaaacttggtttttgtattat-tgaacataactagctatatattaactcgttttatgtgtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAACACACATCTTGCCTTGAACACATACCTTGTTGGACATTCTGTTACTCTAG
                                                           |  | |  |     |  ||  || || ||||  |  | | | | | ||||   || | || | | ||||||| ||  ||   || |||||||| | || ||| || |||||||||||   ||||  ||||||||||||||||| ||||  ||||| | |||||||||||| ||||| || || |
gtaagctttccctcattttttgtgccttgtctcatgcactctctgtactaacaaatcatgctactccttactcgctaagattagtatttgactagtctaagcttgacta---atctttttaatggttttatctgaatga--agGCTGAGGAAGCGGCAATTTCTGCATTGAAGAGAGGACTTGAGGCTCTGAACACACATCTCGCCTCCAACACTTTCCTTGTTGGACACTCTGTCACCCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33104355|gb|CF064315.1|CF064315
EST:     ACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: ACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31350377|gb|CD434734.1|CD434734
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31356573|gb|CD440930.1|CD440930
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|19822159|gb|BQ048183.1|BQ048183
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|33093724|gb|CF053718.1|CF053718
EST:     TCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31358797|gb|CD443154.1|CD443154
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|40337134|gb|CK371204.1|CK371204
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|32838480|gb|CD978158.1|CD978158
EST:     ACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: ACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|32942442|gb|CF047261.1|CF047261
EST:     ACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: ACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|32848876|gb|CD988557.1|CD988557
EST:     TACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31356567|gb|CD440924.1|CD440924
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|150037283|gb|DY843506.1|DY843506
EST:     ACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: ACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|22935604|gb|BU571879.1|BU571879
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|31351288|gb|CD435645.1|CD435645
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|32856180|gb|CD995861.1|CD995861
EST:     GTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: GTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|26455900|gb|CA827483.1|CA827483
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|14204257|gb|BG837934.1|BG837934
EST:     TTGGATGGTA-YTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGAYCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
EST: gi|67012465|gb|CO441214.1|CO441214
EST:     TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACG                         ACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGATGGTACTTGTATCCAAGGCTTGGGTACATCCCTTATGCTCACACGgtaagttgta ... gtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtattattgaacataactagctatatattaactcgttttatgtgtgtgtgcagACTGAGGAAACAGCTATTGCTTCATTGAAGAGATCCCTTGGTGCTCTGAACACACATCTTGCCTTGAACACATACCTTGTTGGACATTCTGTTACTCTAG
                           tattaac  putative branch site (score: 1)
                   tagctatatattaa  TA-rich tract