Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggcttacttccttttcttcctagtctatgtaaactgtaatatgtatacaaagattaatattcgagtatcaatgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G058702_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G058702_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g33440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgggcttacttccttttcttcctagtctatg-taaactgtaatatgt-----------atacaaagattaa-tattcgagtatcaatgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG
||| | ||   |   |      ||  |  ||| ||||   | || ||             || |  |  ||| |||| |||| |  |||| | |||||||  || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
gtgaggttctctttctcctaatctgcttgatgctaaatattgatgtggttcctttactggtatatggcctaagtatttgagtgtgtatgaatacagGGAGGCATAATGGCTGTCGGAGCCTCAAAACCTACAGTGGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGTGTCAAGAGCAAAATGCTG

upper sequence: GRMZM2G058702_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G24830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
------------------------------gtgggcttacttccttttcttcctagtctatgtaaactgtaatatgt-atacaaagattaatattcgagtatcaatgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG
                               ||   | |      ||    |  | | | ||  || |  ||  | | ||     | || |  || |    | | |   | ||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  |||||||||
gttagtgatgatttctgggactttgaagtcttgatttgagagatgttgtggctcattgtgtggcaatttgaacgttttatctgggggttcaactttgccctttatt---tccagGGTGCTATCATGGCTGTTGGCGCATCAAAGCCTACTGTTCTGGCTGATAAAGATGGATTCTTCAGCGTGAAGAATAAAATGCTG

upper sequence: GRMZM2G058702_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0011g03380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----------------gtgggcttacttccttttcttcctagtctatgtaaactgtaatatgtatacaaagattaatattcgagtatc--aatgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG
                |     | || ||  ||  ||| ||   |   |   |  |  |  | ||        |  |  || |   |   |||||   ||||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||  ||||||||||||| ||||| || || || || |||||||||
gtgagttgcaaagccaggactttcacctctattagttcataagattcttctgcccttttgggcatgtgtgagctttttctcaaaatttggaatgatgtcagGGGGCTATCATGGCCGTTGGAGCTTCAAAGCCTACTGTTGTCACTGATAAAGATGGATTCTTCAGTGTTAAAAGTAAAATGCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67018197|gb|CO446946.1|CO446946
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|78114407|gb|DV532796.1|DV532796
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCCCCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|67011881|gb|CO440630.1|CO440630
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|149044909|gb|EE047713.2|EE047713
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|91054581|gb|EB164999.1|EB164999
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|60357361|gb|DN224334.1|DN224334
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|78027609|gb|DV495996.1|DV495996
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|78122472|gb|DV540856.1|DV540856
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|149111402|gb|EE294905.2|EE294905
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|211437264|gb|FL422462.1|FL422462
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|91054582|gb|EB165000.1|EB165000
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|211115866|gb|FL470201.1|FL470201
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|32939307|gb|CF044126.1|CF044126
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|148943508|gb|EC888569.2|EC888569
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|31349054|gb|CD433411.1|CD433411
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|76282080|gb|DV021648.1|DV021648
EST:     GGGGTATGTTTGGTGTAGATGGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|88754631|gb|DY538772.1|DY538772
EST:     TAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|4827706|gb|AI668398.1|AI668398
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|71432412|gb|DR813462.1|DR813462
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA
EST: gi|6827927|gb|AW331570.1|AW331570
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCCCCTGGCCAG                         GGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTCCAGTTGTGGCTGATAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 72

GGACTTTTACACTGTCCAACCTGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 110

GGACTTTTACACTGTCCAACCTGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 69

GGACTTTTACACTGTCCAACCTGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 169

GGACTTTTACACTGTCCAACCTGGGTATGTTTGGTGTAGATCGGTTTGATGCAATCCTTCCACCTGGCCAGgtgggcttac ... atgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtaaactgtaatatgtatacaaagattaatattcgagtatcaatgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG
                          gattaat  putative branch site (score: 169)
         tgtaatatgtatacaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgggcttacttccttttcttcctagtctatgtaaactgtaatatgtatacaaagattaatattcgagtatcaatgagtgcagGGAGCTATTATGGCTGTTGGAGCCTCGAAACCTACAGTTGTGGCTGATAAAGATGGTTTCTTTAGCGTCAAGAGCAAAATGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG