Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctcttctaattactattagtatgattttaggacatgagatagctttctttatccaggctttagattggccaactctttattccaattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057037_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g24570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gta-tgctcttctaat-tactattagtatgattttaggacatgagatagctttctttatccaggctttagattggccaactcttta-ttccaattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG
|||   | ||||| ||  | |  |  |||||| | |  || | | ||| ||  | |  |   | |||||||||  ||||||||||  || |  |||| ||||||||||||||  |||| ||||| || ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||
gtaacacacttcttatgcattgatgctatgatat-ataacttaacataactggcatccttgggactttagattatccaactctttcctttctgttctttagATATGTGATGCGGTTGCTGTTGCTAAAATTCTGAATGCGTCTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAATCCTGTTTGGAAAGACACAAG

upper sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G33160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgctcttctaattactattagtatgattttaggacatgagatagctttcttt----atccaggctttagattggccaactctttattccaattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG
   |     | | |   || |||||  |||   | |        |   | | | |    |   | |  | |  | | |  | | |||| |    || ||||||||||||||||  |||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | |||||| |||| ||||| |||   ||||||||
--gtaggtatatgaagccttttagttagatcaaaagtttcctcgtgtgtatgtgtgaaaaatgatgtataatttggacttagtgtttaattattttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTGGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATTCCATACCTTGAATTAAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG

upper sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G02850.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgctcttctaattactattagtatgattttaggaca--tgagatagctttctttatccaggctttaga--ttggcca-actctttattccaattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG
||| | | ||  ||    | | |||| |||   | |     | |  |   | | | | |  | | | || |  |||  |  | | || | |    || ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| | |||||| | || ||||| |||   ||||||||
gtaag-tattaaaagccttttaagta-gatcaaaagtttgctcatgtgtgtgtgtgtgtgaaagatgtacaatttgatcttagtgttaaattatcttgtgtagATATGTGATGCAGTTGCTGTTGCAAAGATACTGAATGCTACTCTGGTGATCCCATACCTTGAACTGAATCCTGTATGGCGAGATTCAAG

upper sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv00s0313g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----------------------------------------------------------gtatgctcttctaattactattagtatgattttaggacatgagatagctttctttatccaggctttagattggccaactctttattccaatt--ctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG
                                                            |  |     | ||||       ||   ||||| | ||   | | |||||    |  |  | ||  | |||  ||  |||| |||   |||   ||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||  |||||| ||
gtaggtaattctaggtttgccactacattctatggatattaaaagggtcaaggatggcccaaacaggaatgattatctcggttaaatttttatgtcacatgtttgctttagaaaatcttggtt--ggttgttcatatcttaatttgtattgtttgtagATTTGTGATGCTGTTGCTGTTGCTAAGATATTAAATGCTACACTTGTGATCCCACATCTTGAAGTGAATCCTGTTTGGCGGGATTCGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211458005|gb|FL008444.1|FL008444
EST:     GATAYATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAA-GATTCTTAATGCTACTCTTGTG
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTG
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|211460519|gb|FL008447.1|FL008447
EST:     ATACATCCAAGTATTTCTTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         AATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGAT
genomic: ATACATCCAAGTATTTCTT-GATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagA-TATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGAT
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|211460518|gb|FL008446.1|FL008446
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|31359449|gb|CD443806.1|CD443806
EST:     GATACATCCGGGGATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|211460521|gb|FL008449.1|FL008449
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|76932287|gb|DV172995.1|DV172995
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|51592502|gb|CV071648.1|CV071648
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCGAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|149076222|gb|EE164820.2|EE164820
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGG                         ATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC
genomic: GATACATCCAAGTATTTCTTGATGGTGGATTGAACCAACAAAGAATGGGGgtatgctctt ... aattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagctttctttatccaggctttagattggccaactctttattccaattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG
     tttctttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgctcttctaattactattagtatgattttaggacatgagatagctttctttatccaggctttagattggccaactctttattccaattctgtagATATGTGATGCCATTGCAGTTGCAAAGATTCTTAATGCTACTCTTGTGATCCCACATCTTGAAGTAAACCCTGTTTGGAAGGATTCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG