Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtatgtacaatatagaagacttgatacttaataggcgtcctttaccgtcatgtgttttaacatgttcattacttttgttatgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATGCATCCTACCTACATTCCTTATCCTTCAGATCCTTCTTTCGTACCCGATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G056573_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71442123|gb|DR823173.1|DR823173
EST:     ATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCG                         GCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATG
genomic: ATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCGgtcagtatgt ... atgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATG
EST: gi|211122282|gb|FL031386.1|FL031386
EST:     ATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCG                         GCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATG
genomic: ATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCGgtcagtatgt ... atgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATG
EST: gi|211409691|gb|FL229014.1|FL229014
EST:     ATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCG                         GCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATG
genomic: ATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCGgtcagtatgt ... atgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 83

AAGTTGGATCACCAATGGAATGGTATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCGgtcagtatgt ... atgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATGCATCCTACCTACATTCCTTATCCTTCAGATCCTTCTTTCGTACCCGATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 89

AAGTTGGATCACCAATGGAATGGTATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCGgtcagtatgt ... atgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATGCATCCTACCTACATTCCTTATCCTTCAGATCCTTCTTTCGTACCCGATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 74

AAGTTGGATCACCAATGGAATGGTATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCGgtcagtatgt ... atgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATGCATCCTACCTACATTCCTTATCCTTCAGATCCTTCTTTCGTACCCGATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 152

AAGTTGGATCACCAATGGAATGGTATAGTCACCCGAACTCTTCAGGATATGCTAGCCAAGATATTTTCTATTCGgtcagtatgt ... atgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATGCATCCTACCTACATTCCTTATCCTTCAGATCCTTCTTTCGTACCCGATG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcgtcctttaccgtcatgtgttttaacatgttcattacttttgttatgtttgcagGCTGAAGGCATGCAATGCGTATACTATGCAGCCCCAGACAATGGATCTATGCATCCTACCTACATTCCTTATCCTTCAGATCCTTCTTTCGTACCCGATG
                    ttttaac  putative branch site (score: 152)
                                 attacttttgttat  TA-rich tract