1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaagatgaaaataaaaacttatattcctgtagcaagttcatgttggtatgtatatggttcaaaattgcataaaatctggctaattacattatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAATCAAGGAAGGCCACAAGAGCTTTCCCAGTGGACACAGTTCAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G050658_T03 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGAT GTTTATGATAACATTACTACTGGTGCTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAEST: gi|76289417|gb|DV028985.1|DV028985
genomic: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGATgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
EST: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGAT GTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAEST: gi|38229749|gb|CF920062.1|CF920062
genomic: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGATgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
EST: GACGGCCTCNTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGAT GTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAEST: gi|211132096|gb|FL293580.1|FL293580
genomic: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGATgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
EST: TCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGAT GTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAEST: gi|13178326|gb|BG349584.1|BG349584
genomic: TCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGATgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
EST: CCCTAATGGAAATGAT GTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAEST: gi|13178327|gb|BG349585.1|BG349585
genomic: CCCTAATGGAAATGATgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
EST: GTTTCCCTAATGGAAATGAT GTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAEST: gi|149083452|gb|EE172778.2|EE172778
genomic: GTTTCCCTAATGGAAATGATgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
EST: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGAT GTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAEST: gi|86471570|gb|DY237940.1|DY237940
genomic: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGATgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
EST: TTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGAGT -TTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTEST: gi|78103666|gb|DV522094.1|DV522094
genomic: TTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGA-Tgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGT
EST: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGAT GTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
genomic: GACGGCCTCGTCCAGATTTTTTCTGGCGCTGTTTCCCTAATGGAAATGATgtaagatgaa ... tatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTA
ggtatgtatatggttcaaaattgcataaaatctggctaattacattatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAATCAAGGAAGGCCACAAGAGCTTTCCCAGTGGACACAGTTCAT
ggctaat putative branch site (score: 139)
ttatcttt putative PPT
taattacattatcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagatgaaaataaaaacttatattcctgtagcaagttcatgttggtatgtatatggttcaaaattgcataaaatctggctaattacattatctttaagGTTTATGATAACATTACTACTGGTGTTATATGCAATGGAGTGAAGAGCGTAATCAAGGAAGGCCACAAGAGCTTTCCCAGTGGACACAGTTCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA