1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagcacataaactgaacataaatgttccttgtttcttgcacaagtttattctgatgatgcgtcgttgccatccaagGAACCCAGTTCTAGCAGCAAGCTAGCAGAGGAGCCTTTGCCAAAGAAGGAGCGACAGATCATCAAAGAAGATGGAGGCGGCGAGGATGAAGCTTACCCAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G050495_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCAAAAGCCTGCAACACAAATTACGAAACCAAGTCAAGTTCTATTAAG GAACCCAGTTCTAGCAGCAAGCTAGCAGAGGAGCCTTTGCCAAAGAAGGAGEST: gi|149094660|gb|EE180203.2|EE180203
genomic: AACCAAAAGCCTGCAACACAAATTACGAAACCAAGTCAAGTTCTATTAAGgtaagcacat ... gccatccaagGAACCCAGTTCTAGCAGCAAGCTAGCAGAGGAGCCTTTGCCAAAGAAGGAG
EST: AACCAAAAGCCTGCAACACAAATTACGAAACCAAGTCAAGTTCTATTAAG GAACCCAGTTCTAGCAGCAAGCTAGCAGAGGAGCCTTTGCCAAAGAAGGAG
genomic: AACCAAAAGCCTGCAACACAAATTACGAAACCAAGTCAAGTTCTATTAAGgtaagcacat ... gccatccaagGAACCCAGTTCTAGCAGCAAGCTAGCAGAGGAGCCTTTGCCAAAGAAGGAG
atgttccttgtttcttgcacaagtttattctgatgatgcgtcgttgccatccaagGAACCCAGTTCTAGCAGCAAGCTAGCAGAGGAGCCTTTGCCAAAGAAGGAGCGACAGATCATCAAAGAAGATGGAGGCGGCGAGGATGAAGCTTACCCAT
ttctgat putative branch site (score: 3)
aagtttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcacataaactgaacataaatgttccttgtttcttgcacaagtttattctgatgatgcgtcgttgccatccaagGAACCCAGTTCTAGCAGCAAGCTAGCAGAGGAGCCTTTGCCAAAGAAGGAGCGACAGATCATCAAAGAAGATGGAGGCGGCGAGGATGAAGCTTACCCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC