1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
...tttcttttgttatactggattgtatctaactgatgagatagaaataatgcgatgatggaatgctcctcaatgtaaagctataaacactatgattatgtagCTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATGGAAGCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G047894_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATATGACAGGGATTTGACACTAAA CTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATGEST: gi|211223965|gb|FL409228.1|FL409228
genomic: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATATGACAGGGATTTGACACTAAAgtaagtgctt ... gattatgtagCTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATG
EST: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATACGACAGGGATTTGACACTAAA CTTGCAGAGGGCATCCAAGEST: gi|211348875|gb|FL413241.1|FL413241
genomic: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATATGACAGGGATTTGACACTAAAgtaagtgctt ... gattatgtagCTTGCAGAGGGCATCCAAG
EST: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATACGACAGGGATTTGACACTAGA CTTGCAGAGGGCATCCCAGTTGGCTGCAGGGAGGGTACATAGACCACTATGEST: gi|78086850|gb|DV515243.1|DV515243
genomic: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATATGACAGGGATTTGACACTAAAgtaagtgctt ... gattatgtagCTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATG
EST: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATATGACAGGGATTTGACACTAAA CTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATGEST: gi|71325385|gb|DR799370.1|DR799370
genomic: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATATGACAGGGATTTGACACTAAAgtaagtgctt ... gattatgtagCTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATG
EST: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATATGACAGGGATTTGACACTAAA CTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATG
genomic: GAAACTACTTGTGGATTGTATTATTCATATGACAGGGATTTGACACTAAAgtaagtgctt ... gattatgtagCTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATG
aatgcgatgatggaatgctcctcaatgtaaagctataaacactatgattatgtagCTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATGGAAGCAG
tatgattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcttttgttatactggattgtatctaactgatgagatagaaataatgcgatgatggaatgctcctcaatgtaaagctataaacactatgattatgtagCTTGCAGAGGGCATCCAAGTTGGCTGCTGGGAGGGTACATAAACCACTATGGAAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG