1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtgagaattgagatatgttggctacattgtgtgtctacaataatctacttttgtgcatagtcctttgaagtcaaacctcaagagtagtaaattacgactatggtgtgtattgctgaacattatcaatcaggcttacactatctaccctatctttgtgcagTGCTGGAATTTCAATAGGCAGTGAGATGTCTGGCGGAGTTGCAAATGTTACTGTGGAGAATGTGCGCATCTGGGAATCAAGGAGAGGTGTGAGGATAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G047414_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATCTTCTGACATTTTAATTCGCAATGTAACCGCCCGTTCTCTTGTGAG TGCTGGAATTTCAATAGGCAGTGAGATGTCTGGCGGAGTTGCAAATGTTAC
genomic: CCATCTTCTGACATTTTAATTCGCAATGTAACCGCCCGTTCTCTTGTGAGgtgagaattg ... ctttgtgcagTGCTGGAATTTCAATAGGCAGTGAGATGTCTGGCGGAGTTGCAAATGTTAC
tgtattgctgaacattatcaatcaggcttacactatctaccctatctttgtgcagTGCTGGAATTTCAATAGGCAGTGAGATGTCTGGCGGAGTTGCAAATGTTACTGTGGAGAATGTGCGCATCTGGGAATCAAGGAGAGGTGTGAGGATAAAG
ggcttac putative branch site (score: 87)
tctaccctatcttt putative PPT
attatcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagaattgagatatgttggctacattgtgtgtctacaataatctacttttgtgcatagtcctttgaagtcaaacctcaagagtagtaaattacgactatggtgtgtattgctgaacattatcaatcaggcttacactatctaccctatctttgtgcagTGCTGGAATTTCAATAGGCAGTGAGATGTCTGGCGGAGTTGCAAATGTTACTGTGGAGAATGTGCGCATCTGGGAATCAAGGAGAGGTGTGAGGATAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT